非我國籍船員於我國境內行蹤不明者，主管機關得自非我國籍船員行蹤不明之日起一個月以上五年以下，按行蹤不明人數不受理該經營者僱用非我國籍船員案件，並登錄漁業管理資訊系統。
前項不受理期間，不因漁船經營者變更而中斷。
因受僱之非我國籍船員行蹤不明致發生跨國境人口販運，或船員被凌虐、毆打等情事，直轄市、縣（市）政府應依跨國境人口販運防制及被害人保護辦法規定，於業務職掌範圍內，協助內政部移民署處理。