本總臺設臺北飛航情報中心、臺北區域管制中心、臺北航空通信中心、臺北航空氣象中心、資訊管理中心、飛航業務室、航電技術室、供應室、秘書室、人事室、會計室、政風室；並得設各近場管制塔臺、裝修區臺及其所屬各作業臺。
各中心、室、塔臺、區臺掌理事項，依照本總臺組織條例及實際業務情況訂定之，並得分課、臺辦事。