工業專用港或工業專用碼頭得由中央主管機關自行興建及經營管理，或經中央主管機關核准由公民營事業投資興建及經營管理。
經中央主管機關核准由公民營事業投資興建及經營管理工業專用港或工業專用碼頭，中央主管機關應與該公民營事業簽訂投資興建契約，並收取權利金，解繳至中央主管機關設置之產業園區開發管理基金。
公民營事業依第一項規定投資興建之相關設施及建築物，得於投資興建契約中約定於投資興建及經營管理期間內，登記為該公民營事業所有，並由其自行管理維護。
前項投資興建及經營管理期間，公民營事業不得移轉其投資興建之相關設施及建築物之所有權，且應於期間屆滿後，將相關設施及建築物所有權移轉予國有，由中央主管機關管理之。
工業專用港或工業專用碼頭規劃建設之執行、港埠經營、港務管理、專用碼頭之興建、管理維護、船舶入出港、停泊、停航、港區安全、港區行業管理及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同交通部定之。