大學系統置系統主席一人，由系統內各學校現有人員兼任，綜理系統校務與聯合發展相關事宜，執行系統委員會之決議，對外代表大學系統。
前項大學系統主席為無給職，任期不得逾四年，期滿得續聘一次。
第一項大學系統主席由系統委員會推選，報教育部或其所屬地方政府核准後聘任之。
本辦法中華民國一百十一年十月二日修正生效前，已依前項規定核准續聘逾一次之大學系統主席，得兼任至任期屆滿，不受第二項規定限制。