國家海洋研究院（以下簡稱本院）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。
院長綜理院務，並指揮、監督所屬人員；副院長襄助院長處理院務。
主任秘書權責如下：一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
本院設下列中心、室：一、綜合規劃及人力培訓中心。
二、海洋政策及文化研究中心。
三、海洋科學及資訊研究中心。
四、海洋生態及保育研究中心。
五、海洋產業及工程研究中心。
六、秘書室。
七、人事室。
八、主計室。
綜合規劃及人力培訓中心掌理事項如下：一、本院施政策略、施政計畫、研究發展計畫、先期作業、中長程個案計畫之研擬、彙辦、協調、管考及評估。
二、產學合作計畫之管理。
三、海洋保育與海巡執法人員教育訓練之規劃及執行。
四、海洋研究成果之推廣。
五、海洋相關人才培育引進之規劃及執行。
六、國際與兩岸海洋訓練機構交流合作之規劃及執行。
七、其他有關綜合規劃及人力培訓事項。
海洋政策及文化研究中心掌理事項如下：一、國家總體海洋政策及制度之研究。
二、國際與兩岸海洋政策及制度之研究。
三、海洋事務相關國際法與國際公約內國法化之研究。
四、國際與兩岸海事、海洋法政、文化研究組織之合作及交流。
五、海洋文化、歷史、教育之研究及推廣。
六、其他有關海洋政策及文化研究事項。
海洋科學及資訊研究中心掌理事項如下：一、海洋科技研究發展策略與計畫之研擬及執行。
二、海洋觀測計畫與數值模擬分析之規劃及執行。
三、海洋資訊系統與海洋資料庫之建置、管理及運用。
四、海底地形監測與探勘之規劃及執行。
五、海洋污染調查與防治技術之研究及推廣。
六、海洋資源調查與環境監測研究之規劃、執行、技術研發及推廣。
七、海域環境探測技術研發之整合、規劃及執行。
八、其他有關海洋科學及資訊研究事項。
海洋生態及保育研究中心掌理事項如下：一、海洋生物、生態系統調查與保育之研究及技術推廣。
二、海洋生物科技與生物基因體之研究及技術推廣。
三、海洋噪音、酸化、氣候變遷及人類活動對海洋生物影響之研究。
四、海洋外來物種入侵防治技術之研究及推廣。
五、其他有關海洋生態及保育研究事項。
海洋產業及工程研究中心掌理事項如下：一、海洋產業創新與轉型之研究及推廣。
二、海域與海洋工程技術之研究及推廣。
三、船艦設計與維修技術之研究及推廣。
四、海域腐蝕環境調查、分類與材料防蝕技術研發之規劃及執行。
五、海域、近岸水文水理研究、水工試驗、船舶流力實驗與數值模擬技術研發之規劃及執行。
六、海域、海岸救難與災害救助技術之研究及推廣。
七、海洋資源、能源探勘與開發利用技術之研究及推廣。
八、其他有關海洋產業及工程研究事項。
秘書室掌理事項如下：一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、議事、出納、財物、營繕、採購及其他事務之管理。
三、國會聯絡與媒體公關事務之政策規劃、分析、研擬及執行。
四、工友（含技工、駕駛）之管理。
五、不屬其他各中心、室事項。
本院處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。