本條例依行政院海岸巡防署組織法第十條第一項規定制定之。
行政院海岸巡防署海洋巡防總局(以下簡稱本總局)掌理下列事項：一、關於海域犯罪之偵防事項。
二、關於海上、非通商口岸之查緝走私事項。
三、關於依法執行下列事項︰(一)海上交通秩序之管制及維護事項。
(二)海上船舶碰撞及其他糾紛之蒐證、處理事項。
(三)海難船舶與人員之搜索、救助及緊急醫療救護事項。
(四)海洋災害之救護事項。
(五)漁業巡護及漁業資源之維護事項。
(六)海洋環境保護及保育事項。
(七)其他依法執行事項。
四、關於海上涉外事務之協調、調查及處理事項。
五、關於海上巡防勤務、業務之規劃、督導及考核事項。
六、關於船舶、航空器之規劃、設計、建造、維修等事項。
七、關於風紀維護之規劃、督導、考核及違紀案件之查處事項。
八、關於訓練之策劃、執行及考核等事項。
九、關於各項法令疑義之解釋及簿冊之規劃設計事項。
十、其他依法應規劃、執行事項。
本總局設巡防組、海務組、船務組、後勤組、督察室、勤務指揮中心、人員研習中心，分別掌理前條所列事項，並得分科辦事。
本總局設秘書室，掌理文書、印信、出納、庶務、公共關係、研考、為民服務及其他不屬於各組、室、中心之事項。
本總局置總局長一人，職務列簡任第十三職等或警監，綜理局務，並指揮、監督所屬單位及人員；副總局長二人，職務列簡任第十二職等或警監，襄理局務。
本總局置主任秘書一人，組長四人，職務均列簡任第十一職等或警監；主任四人，職務列簡任第十職等至第十一職等或警監，其中秘書室主任一人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等或警正至警監；副組長四人，職務列簡任第十職等或警監；專門委員三人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等或警正至警監；督察三人，秘書二人，職務均列薦任第八職等至第九職等或警正，其中督察一人，職務得列薦任第九職等至簡任第十職等或警正至警監；技正三人，職務列薦任第八職等至第九職等，其中一人，職務得列簡任第十職等；科長二十一人，職務列薦任第九職等或警正；專員二十四人，職務列薦任第七職等至第八職等或警正；科員六十五人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等或警佐或警正；技士六人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；技佐七人，職務列委任第四職等至第五職等，其中三人，職務得列薦任第六職等；辦事員七人，職務列委任第三職等至第五職等；書記四人，職務列委任第一職等至第三職等。
本總局設人事室，置主任一人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等，依法辦理人事管理事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。
本總局設會計室，置會計主任一人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等，依法辦理歲計、會計及統計事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。
本總局為應業務需要，設偵防查緝隊及直屬船隊，得分組辦事。
偵防查緝隊置隊長一人，職務列簡任第十職等或警監；副隊長一人，職務列薦任第九職等或警正；組主任三人，職務列薦任第九職等或警正；專員二人，職務列薦任第七職等至第八職等或警正；偵查員六十九人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等或警佐或警正；技士三人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；技佐三人，職務列委任第四職等至第五職等，其中一人，職務得列薦任第六職等；辦事員一人，職務列委任第三職等至第五職等。
直屬船隊置隊長一人，職務列簡任第十職等或警監；副隊長一人，職務列薦任第九職等或警正；分隊長十一人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等或警佐或警正；技士二人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；技佐二人，職務列委任第四職等至第五職等，其中一人，職務得列薦任第六職等；小隊長十七人，職務列委任第四職等至第五職等或薦任第六職等或警佐或警正；隊員八十四人，職務列委任第三職等至第五職等或警佐，其中四十二人，職務得列薦任第六職等或警正；辦事員二人，職務列委任第三職等至第五職等。
本總局得視勤務需要，設十個甲種編制海巡隊，六個乙種編制海巡隊，二至四個機動海巡隊，並得分組辦事。
甲種編制海巡隊置隊長十人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等或警正至警監；副隊長十人，職務列薦任第九職等或警正；組主任三十人，職務列薦任第八職等至第九職等或警正；科員六十人，分隊長一百一十人，職務均列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等或警佐或警正；技士二十人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；小隊長二百人，職務列委任第四職等至第五職等或薦任第六職等或警佐或警正；技佐二十人，職務列委任第四職等至第五職等，其中十人，職務得列薦任第六職等；隊員一千二百五十人，職務列委任第三職等至第五職等或警佐，其中六百二十五人，職務得列薦任第六職等或警正；辦事員十人，職務列委任第三職等至第五職等；書記九人，職務列委任第一職等至第三職等。
乙種編制海巡隊置隊長六人，職務列薦任第九職等或警正；副隊長六人，職務列薦任第八職等至第九職等或警正；組主任十二人，職務列薦任第八職等至第九職等或警正；科員十八人，分隊長三十人，職務均列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等或警佐或警正；技士六人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；小隊長三十人，職務列委任第四職等至第五職等或薦任第六職等或警佐或警正；隊員二百九十四人，職務列委任第三職等至第五職等或警佐，其中一百四十七人，職務得列薦任第六職等或警正；辦事員六人，職務列委任第三職等至第五職等；書記六人，職務列委任第一職等至第三職等。
機動海巡隊置隊長二人至四人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等或警正至警監；副隊長二人至四人，職務列薦任第九職等或警正；組主任六人至十二人，視察二人至四人，職務均列薦任第八職等至第九職等或警正；專員四人至八人，職務列薦任第七職等至第八職等或警正；科員十人至二十人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等或警佐或警正；辦事員八人至十六人，職務列委任第三職等至第五職等。
置艦長十六人至二十人，職務列薦任第七職等至第九職等，其中八人至十人，職務得列簡任第十職等；輪機長十六人至二十人，大副十六人至二十人，職務均列薦任第七職等至第九職等；報務主任三人至七人，艦艇駕駛員四十八人至六十人，艦艇機師四十八人至六十人，職務均列薦任第六職等至第八職等；報務員三人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；技術助理員五十二人至八十八人，職務列委任第三職等至第五職等；技術生七十五人至一百四十五人，職務列委任第一職等至第三職等。
第五條至第十條所定列有官等、職等人員，除警察官外，其職務所適用之職系，依公務人員任用法第八條之規定，就有關職系選用之。
前項人員，得就官階相當且具航行或輪機相關專業證照之軍職人員及中華民國八十九年隨業務移撥之關務人員派充之。
本總局辦事細則，由本總局擬訂，報請行政院海岸巡防署核定之。