本條例依行政院海岸巡防署組織法第十條第一項規定制定之。
行政院海岸巡防署海岸巡防總局(以下簡稱本總局)，掌理下列事項：一、關於入出海岸管制區之檢查、管制事項。
二、關於海岸、非通商口岸之查緝走私、防止非法入出國事項。
三、關於協助通商口岸之查緝走私、防止非法入出國事項。
四、關於船舶及其他水上運輸工具非法進入海岸地區之管制及處理事項。
五、關於海岸地區犯罪之偵防及警衛、警戒等事項。
六、關於海岸及漁、商港之安全檢查事項。
七、關於海岸涉外事務之協調、調查及處理事項。
八、關於通信、電子(含雷達)、光電、資訊等計畫之擬定、督導、執行及裝備系統籌建建議等事項。
九、關於海岸地區走私、非法入出國與反滲透情蒐之計畫執行、管制及督導事項。
十、關於風紀維護之規劃、督導、考核及違紀案件之查處事項。
十一、關於訓練之策劃、執行及考核等事項。
十二、其他依法應執行或協助之事項。
本總局設巡防組、檢查管制組、情報組、後勤組、通電資訊組、督察室、勤務指揮中心、人員研習中心，分別掌理前條所列事項，並得分科辦事。
本總局設秘書室，掌理文書、印信、出納、庶務、公共關係、研考、為民服務及其他不屬於各組、室、中心之事項。
本總局為執行本條例所定事務，得設北部、中部、南部、東部地區巡防局，其組織另以法律定之。
本總局置總局長一人，職務列簡任第十三職等或中將，綜理局務並指揮、監督所屬單位及人員；副總局長二人，職務列簡任第十二職等或少將，襄理局務。
本總局置主任秘書一人，組長五人，主任三人，職務均列簡任第十一職等或少將；副組長五人，副主任二人，職務均列簡任第十職等或上校；秘書室主任一人，專門委員六人，職務均列薦任第九職等至簡任第十職等或上校、中校；督察四人，秘書四人，職務均列薦任第八職等至第九職等，其中督察一人，秘書一人，職務得列簡任第十職等或上校；科長二十七人，大隊長一人，職務均列薦任第九職等或中校；主任教官六人，職務均列薦任第八職等至第九職等或中校；副大隊長一人，職務列薦任第八職等或中校；專員四十四人，職務列薦任第七職等至第八職等或中校、少校；設計師一人，職務列薦任第六職等至第八職等或中校、少校、上尉；隊長二人，職務列薦任第七職等或少校；教官十三人，科員九十四人，職務均列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等或少校、上尉、中尉；副隊長二人，職務列薦任第六職等或上尉；助理設計師二人，護士二人，職務均列委任第四職等至第五職等或中尉、少尉，其中助理設計師一人，護士一人，職務得列薦任第六職等或上尉；辦事員十八人，職務列委任第三職等至第五職等或中尉、少尉、士官；書記八人，職務列委任第一職等至第三職等或士官。
本總局設人事室，置主任一人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等或上校、中校，依法辦理人事管理事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。
本總局設會計室，置會計主任一人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等或上校、中校，依法辦理歲計、會計及統計事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。
第六條至第九條所定列有官等、職等之文職人員，其職務所適用之職系，依公務人員任用法第八條之規定，就有關職系選用之。
前項人員，得就官階相當之警察人員及中華民國八十九年隨業務移撥之關務人員派充之。
本總局為應勤務需要，得設警衛大隊、通資作業大隊，均屬軍職；所需人力，以兵役人員充任；其編制表另定之。
本總局及所屬機關所需兵役人員，由行政院海岸巡防署會同國防部辦理。
本總局辦事細則，由本總局擬訂，報請行政院海岸巡防署核定之。