海洋委員會海巡署為執行海域及海岸巡防事項，設北部、中部、南部、東部、金馬澎、東南沙及艦隊分署（以下簡稱各分署）。
各分署掌理下列事項：一、轄區內海洋權益維護之執行。
二、轄區內海事安全維護之執行。
三、入出港船舶或其他水上運輸工具及通商口岸人員安全檢查之執行。
四、轄區內海域至海岸、河口、非通商口岸查緝走私、防止非法入出國及其他犯罪調查之執行。
五、轄區內公海上對中華民國船舶或依國際協定得登檢之外國船舶登臨、檢查及犯罪調查之執行。
六、轄區內海域與海岸巡防涉外事務協調、調查及處理之執行。
七、轄區內海域及海岸安全調查之執行。
八、轄區內海岸管制區安全維護之執行。
九、海巡艦船艇建造及維修養護之規劃及執行。
十、其他有關海域及海岸巡防事項。
各分署置分署長一人，職務列簡任第十一職等至第十二職等或警監或少將；副分署長二人，職務列簡任第十職等至第十一職等或警監或少將、上校。
各分署置主任秘書，職務列薦任第九職等至簡任第十職等或警正至警監或上校、中校。
各分署各職稱之官等（階）職等及員額，另以編制表定之。
各職稱之官等職等，依職務列等表之規定。
各分署人員之任用、管理及權利義務，依各該人員身分適用之相關法令辦理。