海洋委員會為辦理海洋政策規劃、海洋資源調查、海洋科學研究、海洋產業及人力培育發展業務，特設國家海洋研究院（以下簡稱本院）。
本院掌理下列事項：一、海洋政策之研究。
二、海洋研究與發展計畫之研擬及執行。
三、海洋研究與發展成果及技術之推廣。
四、海洋研究與發展之資訊蒐集、人才培育引進及國際合作。
五、海洋保育與海巡執法人員之教育、訓練、認證及管理。
六、其他有關海洋政策、研究及人力發展事項。
本院置院長一人，職務列簡任第十三職等，必要時得比照獨立學院校長或教授以上資格聘任；副院長二人，職務列簡任第十二職等，必要時其中一人得比照教授資格聘任。
本院研究員、副研究員及助理研究員職務，必要時得比照教育人員任用條例相關規定聘任之；其退休、撫卹比照教師相關規定辦理，並報請海洋委員會核定。