海洋委員會海洋保育署（以下簡稱本署）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。
署長綜理署務，並指揮、監督所屬人員；副署長襄助署長處理署務。
主任秘書權責如下：一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
本署設下列組、室：一、綜合規劃組，分三科辦事。
二、海洋生物保育組，分三科辦事。
三、海洋環境管理組，分三科辦事。
四、秘書室。
五、人事室。
六、政風室。
七、主計室。
綜合規劃組掌理事項如下：一、本署施政策略、施政計畫、中長程個案計畫之彙辦、管制及評估。
二、海洋生態系管理、海洋保護區域之整合、規劃、協調及推動。
三、海岸與海域管理工作之協調及配合。
四、海洋保育教育宣導之規劃、協調、推動及執行。
五、海洋保育資訊調查之規劃、協調、統計及應用。
六、國際合作與技術交流之規劃、協調、推動及執行。
七、法制、訴願與國家賠償事件之審議及處理。
八、其他有關綜合規劃事項。
海洋生物保育組掌理事項如下：一、海洋生物多樣性保育與復育政策之整合、規劃、協調、推動及執行。
二、海洋生物外來種防治政策之整合、規劃、協調及執行。
三、海洋非漁業資源保育與管理政策之規劃、協調及執行。
四、海洋生物多樣性種原庫與基因庫設置之研擬、協調及推動。
五、海洋生物巡護、監控、管制與調查之規劃、協調及推動。
六、海洋生物保育法規制（訂）定、修正、廢止及解釋之研擬。
七、其他有關海洋生物保育事項。
海洋環境管理組掌理事項如下：一、海洋環境保護政策之整合、規劃、協調及執行。
二、海洋污染防治政策之整合、規劃、協調及執行。
三、海洋環境管理法規制（訂）定、修正、廢止及解釋之研擬。
四、海洋水質維護策略之擬訂、整合、協調及執行。
五、重大海洋污染事件之應變、協調及督導。
六、海洋環境監測之研擬、規劃、協調及執行。
七、其他有關海洋環境管理事項。
秘書室掌理事項如下：一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、議事、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
三、國會聯絡與媒體公關事務之政策規劃、分析、研擬及執行。
四、工友（含技工、駕駛）之管理。
五、不屬其他各組、室事項。
本署處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。
本規程自中華民國一百零七年四月二十八日施行。
本規程修正條文自發布日施行。