第5條綜合規劃組掌理事項如下：一、本署施政策略、施政計畫、中長程個案計畫之彙辦、管制及評估。二、海洋生態系管理、海洋保護區域之整合、規劃、協調及推動。三、海岸與海域管理工作之協調及配合。四、海洋保育教育宣導之規劃、協調、推動及執行。五、海洋保育資訊調查之規劃、協調、統計及應用。六、國際合作與技術交流之規劃、協調、推動及執行。七、法制、訴願與國家賠償事件之審議及處理。八、其他有關綜合規劃事項。