海洋委員會海巡署（以下簡稱本署）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。
署長綜理署務，並指揮、監督所屬機關（構）及人員；副署長襄助署長處理署務。
主任秘書權責如下：一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
本署設下列組、室、巡防區指揮部及隊：一、企劃組，分三科辦事。
二、巡防組，分五科辦事。
三、情報組，分四科辦事。
四、後勤組，分四科辦事。
五、通電資訊組，分四科辦事。
六、督察組，分三科辦事。
七、秘書室，分三科辦事。
八、人事室，分四科辦事。
九、政風室，分二科辦事。
十、主計室，分四科辦事。
十一、第一至第十三巡防區指揮部。
十二、通資作業隊，得於八中隊內調整辦事。
十三、警衛隊，得於八中隊內調整辦事。
企劃組掌理事項如下：一、施政策略、施政計畫之研訂、管制及評估。
二、重要個案計畫、先期作業之審議、管制及評估。
三、重大資本建案、整體裝備籌建之規劃、審議、管制及評估。
四、海巡政策議題資料之蒐集、研究及分析。
五、海巡業務研究發展之規劃、協調及推動。
六、服務品質工作之規劃、督導及考核。
七、其他有關企劃事項。
巡防組掌理事項如下：一、海洋權益維護之規劃及督導。
二、海事安全維護之規劃及督導。
三、海域與海岸巡防政策、勤務之規劃及督導。
四、入出港船舶或其他水上運輸工具與通商口岸人員安全檢查事項之規劃及督導。
五、海岸管制區安全維護事項之規劃及督導。
六、海域與海岸反恐怖活動、本署人員。
七、駐地整體安全防護之規劃及督導。
八、海域與海岸狀況之初步應變、指導、處理、管制及本署內外機關（構）單位之通報。
九、本署與各分署勤務單位、人員之指揮、管制、跨轄區勤務協調統合及勤務指揮中心執勤規範、狀況通報機制之策訂。
十、海巡雷情系統、海情系統運用與海巡報案專線一一八之規劃、督導及考核。
十一、其他有關巡防事項。
情報組掌理事項如下：一、情報政策、計畫之研擬、督導及考核。
二、國際犯罪情資之協調、運用及聯繫。
三、兩岸犯罪情資之協調、運用及聯繫。
四、派駐境外業務之規劃及督導。
五、走私、非法入出國與其他犯罪案件調查工作政策、計畫之研擬、督導及考核。
六、防制滲透與安全情報蒐集之指導、研整、運用、督導及考核。
七、情報部署與情報諮詢計畫之研擬、督導及考核。
八、水文、海象、漁汛資料之蒐整及運用。
九、其他有關情報事項。
後勤組掌理事項如下：一、後勤業務之規劃、督導及執行。
二、後勤裝備、物資補給、保修維護、運輸勤務及衛生勤務之管理。
三、營繕計畫之規劃、督導及執行。
四、採購作業之規劃、督導及執行。
五、不動產管理計畫之規劃及督導。
六、國有財產產籍管理之規劃、督導及執行。
七、其他有關後勤事項。
通電資訊組掌理事項如下：一、有線、無線電通信、電子雷達、資訊與資通安全業務之規劃、協調、審查、督導及執行。
二、通信與廣域網路系統之規劃、建置、維護及管理。
三、有線、無線電通信、電子雷達、資訊系統整合之規劃、建置、維護及管理。
四、本署與所屬機關（構）資訊應用服務策略之規劃、管理及推動。
五、本署與所屬機關（構）資訊應用環境之規劃、管理及推動。
六、資通安全策略與環境之規劃、管理、推動及督導。
七、其他有關通電資訊事項。
督察組掌理事項如下：一、年度督察工作計畫之策訂及考核。
二、海域與海岸巡防勤務督察之規劃、督導及執行。
三、艦船艇海損事故之調查及處理。
四、艦船艇新造、接收、維修與專案整備任務完工後檢驗工作之規劃、督導及執行。
五、法規制（訂）定、修正、廢止之審議。
六、訴願與國家賠償事件之審議及處理。
七、其他有關督察事項。
秘書室掌理事項如下：一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、議事、出納、財物、小額採購及其他事務之管理。
三、國會聯絡與媒體公關事務之政策規劃及推動。
四、工友（含技工、駕駛）之管理。
五、志願役軍官、士官、士兵人才招募執行之規劃。
六、不屬其他各組、室、巡防區指揮部及隊事項。
巡防區指揮部掌理岸海勤務之統合、指揮、管制及運用等事項。
通資作業隊掌理事項如下：一、本署及所屬機關（構）各類通信、電子、資訊系統、裝備之操作及維護作業。
二、其他有關通資作業事項。
警衛隊掌理事項如下：一、本署及所屬機關（構）營區安全勤務之執行。
二、其他有關警衛事項。
本署處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。