本辦法依檔案法(以下簡稱本法)第十六條規定訂定之。
機密文書歸檔時，承辦人員應使用機密檔案專用封套裝封，並於封面上註明單位名稱、收發來文字號、案由或案名、分類號、頁數、件數、附件數、案卷內文件起迄日期、保存年限、機密等級及保密期限或解密條件，封口簽章後，送檔案管理單位辦理歸檔。
但案由或案名，得以代碼或代名表示。
前項專用封套，各機關得視業務需要，參考檔案中央主管機關設計之範例，自行統一規格訂製使用。
檔案管理人員點收機密文書時，僅得依封套上記載事項檢視，不得拆開封套；封套上記載不全者，應退回補正。
機密檔案應與一般檔案分別存放，並依機密等級分別保管；其微縮片或其他複製品，亦同。
機密檔案應另備保險箱或其他具安全防護功能之箱櫃，裝置密鎖存放之；必要時，應存放於保險室或密室中，並裝置警報及監視系統。
前項箱櫃、密鎖、警報及監視系統，至少每月應檢查一次，確保其安全。
機密檔案之存放場所或區域，得禁止或限制人員、物品進出，並為其他必要之管制措施。
機密檔案應由機關首長指定專人或由檔案管理單位主管管理。
機關內部單位借調機密檔案，應填具調案單，並經業務承辦單位主管核准。
但屬國家機密者，除辦理該機密事項業務者外，應經原核定機關或其上級機關有核定權責人員書面授權或核准。
借調極機密以上等級者，應由調案人親自至檔案管理單位簽收。
機密檔案借出時，應注意其安全維護；必要時，得採取外加封套或機密檔案傳遞專用箱盒(袋)等防護措施。
前條機密檔案之借調，應於借調期限內歸還。
屆期如需繼續使用，應提出展期申請，經前條第一項核定權責人員核准後，始可延展借調期限。
借出之檔案如有必要，得隨時催還。
機關間借調機密檔案，應以書面提出請求，經該機密核定機關首長或其授權人員核准後，始得提供。
前項書面，應註明借調期間、承辦單位名稱、承辦人員姓名及有關聯絡資料。
借出之檔案屆期如需繼續使用，應提出展期申請。
借調之檔案，如有必要，得隨時催還。
前四項規定，於移轉檔案中央主管機關管理之機密檔案適用之。
調用機密檔案時，應備函載明法律依據、調用目的、調用期間、承辦單位名稱、承辦人員姓名及有關聯絡資料。
依規定借調或調用機密檔案時，為避免原件損壞，得提供複製品；用畢後，應即歸還。
各機關依規定提供機密檔案時，應以書面告知該機密檔案之機密等級及保密之義務。
借調或調用機關用畢後，應即歸還。
機密檔案歸還時，調案人應在機密檔案專用封套簽章後密封，並加註歸還日期。
借調極機密以上等級者，應由調案人親自至檔案管理單位歸還。
檔案管理人員應檢視封套是否依規定密封。
如未密封，應即通知調案人處理，並於調案紀錄註記之。
絕對機密檔案不得複製。
機密檔案之複製，屬國家機密者，應經原核定機關或其上級機關有核定權責人員以書面授權或核准；屬一般公務機密者，除辦理該機密業務者外，應經單位主管以上人員核准。
複製機密檔案應註明原件之機密等級、保密期限或解密條件、複製品字樣及其份數；如有多份複製品，並應註記編號。
複製品應視同原件妥善保管，無繼續使用之必要時，應即銷毀。
機密檔案以微縮、電子或其他方式儲存時，應由機關首長指定專人辦理。
前項儲存，應與一般檔案分開辦理。
機密檔案未經解密，不得銷毀。
但有機關檔案保存年限及銷毀辦法第十四條第一項所定情形者，不在此限。
機密檔案之移轉及銷毀，應由機關首長指定專人辦理，並採取必要之安全措施。
機密檔案有遺失、污損、抽換、拆散等情事時，檔案管理單位應協調權責單位查明責任，依規定議處；其涉及法律責任者，並應依法處理。
機密檔案管理人員調、離職時，應列冊將保管之機密檔案逐項點交機關首長指定之人員或檔案管理單位主管。
業務承辦單位應依有關法規之規定，主動辦理機密檔案之機密等級變更或解密事宜。
檔案管理單位應定期清查機密檔案。
清查時，得請業務承辦單位依法辦理機密檔案機密等級之變更或解密事宜。
但保密期限屆滿者，其解密事宜，由檔案管理單位會商業務承辦單位辦理之。
機密檔案之機密等級原核定機關已裁併或職掌調整者，機密等級變更或解密，由承受其業務之機關辦理；無承受其業務機關者，由原核定機關之上級機關或主管機關為之。
移轉檔案中央主管機關管理之機密檔案，移轉機關應配合檔案中央主管機關辦理其機密等級之變更或解密事宜。
本辦法自本法施行之日施行。
本辦法修正條文自發布日施行。