本辦法依水下文化資產保存法（以下簡稱本法）第九條規定訂定之。
本法第九條所定公營事業機構，包括以下各款之事業：一、各級政府獨資或合資經營者。
二、依事業組織特別法之規定，由政府與人民合資經營者。
三、政府與人民合資經營，且政府資本超過百分之五十者。
四、政府與前二款公營事業或前二款公營事業投資於其他事業，其投資之資本合計超過該投資事業資本百分之五十者。
五、政府資本未超過百分之五十，但由政府指派公股代表擔任董事長或總經理者。
依本法第九條所定政府機關（構）與公營事業機構涉及水域之開發、利用計畫，包括直接或間接影響海床及其底土、陸域內水域水底及其底土環境之下列計畫：一、涉及重大政策或跨機關性質應函報行政院核定之計畫。
二、公營事業機構依法須經目的事業主管機關核准之計畫。
開發單位、政府機關（構）或公營事業機構實施水下文化資產調查前，應先行向主管機關查詢開發、利用行為或計畫所涉水域之水下文化資產相關資訊。
開發單位、政府機關（構）或公營事業機構得自行或委由專業機關（構）或法人進行所涉水域之水下文化資產調查。
前項所定調查專業機關（構）或法人，應聘有下列各款人員：一、水下文化資產判釋人員：曾從事水下文化資產調查、研究、發掘或其他相關工作，累計達二年以上經驗。
二、水下探測技術人員：曾從事以專業潛水、遙感探測、磁力測量、水下聲學、水下光學、水下載具及其他非侵入性、非破壞性探測方式之水下探測工作，累計達二年以上經驗。
開發單位、政府機關（構）或公營事業機構於進行水下文化資產調查前，應將調查計畫，送主管機關審查。
前項調查計畫，應包括下列各款事項及文件、資料：一、申請開發單位、政府機關（構）或公營事業機構名稱及其代表人。
二、受委託調查之專業機關（構）或法人與其聘有前條第二項各款人員之資格證明文件及簽章。
三、法規依據。
四、開發利用行為或計畫之目的、內容及其範圍。
五、調查之地理範圍外界線經緯度。
六、開發區域水下文化資產相關文獻資料及標示敏感區域。
七、調查規劃，其內容包括方法、技術、測線及時程。
八、第四條查詢結果所得相關資訊。
前項第五款地理範圍，包括開發、利用所涵蓋區域及其周緣向外延伸至少五百公尺之範圍，並以不逾領海外界限為原則。
經第四條查詢結果所得相關資訊足認其已無需再進行調查者，其調查計畫得免記載第二項第二款、第五款及第七款事項，並經主管機關審查同意後，得視為已完成調查；其無相關資訊或資訊不足者，開發單位、政府機關（構）或公營事業機構應即依第一項審查通過之調查計畫進行調查。
水下文化資產調查得視個案之海床及水底地形狀況，以專業潛水、遙感探測、磁力測量、水下聲學、水下光學及水下載具等非侵入性及非破壞性之探測方式為之。
開發單位、政府機關（構）或公營事業機構應依第六條審查通過之調查計畫，進行水下文化資產調查，並於完成調查後，檢具調查報告、水下文化資產調查基本資料表（如附表）及原始資料，送主管機關審查。
前項調查報告，應包括下列各款項目：一、申請開發單位、政府機關（構）或公營事業機構名稱及其代表人。
二、受委託調查機關（構）或法人與其聘有第五條第二項各款人員之資格證明文件及簽章。
三、法規依據。
四、開發利用行為或計畫之目的及其內容。
五、調查之地理範圍外界線經緯度。
六、開發區域水下文化資產相關文獻資料及標示敏感區域。
七、調查方法及技術。
八、調查過程及紀錄。
九、調查結果。
發現疑似水下文化資產者，其目標物之狀況及對開發、利用計畫之影響評估。
十、開發、利用計畫有無替代或修正方案及建議事項。
主管機關應於收件後二個月內審查完成，未能於所定期間內處理終結者，得於原處理期間之限度內延長之，但以一次為限。
主管機關得邀請學者專家組成小組審查調查計畫及報告等書件，並得邀請開發單位、政府機關（構）或公營事業機構、調查計畫主持人或專業人員列席說明。
必要時，得派員或委由專業機關（構）到場查證。
開發單位、政府機關（構）或公營事業機構完成之調查報告，主管機關審查後應復知審查結果，並敘明進行開發、利用行為時，發現水下文化資產或疑似水下文化資產者，應即依本法第十三條規定通報主管機關。
開發單位、政府機關（構）或公營事業機構於進行水下文化資產調查時，發現水下文化資產或疑似水下文化資產者，應即通報主管機關。
主管機關接獲前項通報後，得依本法第十三條第三項至第五項規定採取保護措施。