為辦理中央與地方之菸害防制及衛生保健工作，特依菸害防制法（以下簡稱本法）第三十四條第一項規定，設置菸害防制及衛生保健基金（以下簡稱本基金），並依同條第二項及預算法第二十一條規定，訂定本辦法。
本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，隸屬於衛生福利特別收入基金項下，編製附屬單位預算之分預算，以衛生福利部國民健康署為管理機關。
本基金之來源如下：一、菸品健康福利捐分配之收入。
二、由政府循預算程序之撥款。
三、受贈收入。
四、本基金之孳息收入。
五、其他有關收入。
本基金之用途如下：一、辦理癌症防治相關支出。
二、辦理罕見疾病等醫療及相關支出。
三、辦理戒菸服務、菸品成分監測、菸害相關防制宣導教育、稽查取締、人員培訓、研究調查、國際交流及與菸害相關性疾病防治等菸害防制有關支出。
四、辦理社區健康、衛生教育、婦幼衛生、生育保健、兒童青少年、中老年保健及國際交流等衛生保健相關支出。
五、補助直轄市及縣（市）主管機關辦理菸害防制及衛生保健之工作支出。
六、管理及總務支出。
七、其他有關支出。
本基金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依公庫法及其相關法令規定辦理。
本基金為應業務需要，得購買政府公債、國庫券或其他短期票券。
本基金有關預算編製與執行及決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令規定辦理。
本辦法自發布日施行。
但中華民國一百零六年六月二十八日修正發布之條文，自一百零六年一月一日施行。