為辦理管制藥品之輸入、輸出、製造、品管、銷售、保管及製造方法之研究事項，特設置管制藥品製藥工廠作業基金（以下簡稱本基金），並依預算法第二十一條規定，訂定本辦法。
本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算，以衛生福利部為主管機關（以下簡稱本部），本部食品藥物管理署為管理機關。
本基金之來源如下：一、由政府循預算程序之撥款。
二、產品之銷售收入及製藥工廠提供勞務收入。
三、本基金之孳息收入。
四、其他有關收入。
本基金之用途如下：一、產品之生產與銷售支出及製藥工廠提供勞務支出。
二、產品行銷、管理、總務及研究發展支出。
三、其他有關支出。
本基金之保管及運用應注意收益性及安全性，其存儲並應依公庫法及其相關法令規定辦理。
本基金為應業務需要，得購買政府公債、國庫券或其他短期票券。
本基金有關預算編製與預算執行及決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令規定辦理。
本辦法自中華民國九十九年一月一日施行。
本辦法修正條文自發布日施行。