衛生福利部國民健康署（以下簡稱本署）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。
署長綜理署務，並指揮、監督所屬人員；副署長襄助署長處理署務。
主任秘書權責如下：一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
本署設下列組、室：一、企劃組，分四科辦事。
二、癌症防治組，分三科辦事。
三、慢性疾病防治組，分三科辦事。
四、婦幼健康組，分四科辦事。
五、社區健康組，分四科辦事。
六、菸害防制組，分三科辦事。
七、監測研究及健康教育組，分三科辦事。
八、秘書室。
九、人事室。
十、政風室。
十一、主計室。
企劃組掌理事項如下：一、施政方針、施政計畫與目標之研訂、策劃及協調。
二、綜合企劃與管考之規劃及推動。
三、組織結構、功能與其調整之研析及規劃。
四、國民健康促進相關法制、訴願及國家賠償事務之辦理。
五、菸品健康福利捐之分配與菸害防制及衛生保健基金之管理。
六、國民健康促進有關國際合作之規劃、協調及推動。
七、國民健康資訊作業管理與維護。
八、其他有關企劃事項。
癌症防治組掌理事項如下：一、檳榔健康危害防制之規劃及推動。
二、防癌宣導教育與預防措施之規劃及推動。
三、癌症篩檢之規劃及推動。
四、癌症診療品質促進之規劃及推動。
五、癌症病人病友支持服務與安寧療護之規劃及推動。
六、癌症相關資料庫之規劃、建置及管理應用。
七、癌症防治教育訓練、研究與交流之規劃及推動。
八、其他有關癌症防治事項。
慢性疾病防治組掌理事項如下：一、高血壓、高脂血症、糖尿病與其他代謝性疾患防治之規劃及推動。
二、心臟病、腦血管疾病、慢性腎臟病、氣喘與慢性阻塞性肺病防治之規劃及推動。
三、骨質疏鬆症、老人跌倒防制與更年期保健之規劃及推動。
四、慢性疾病防治之宣導教育。
五、慢性疾病篩檢之規劃及推動。
六、慢性疾病病友支持網絡之建構。
七、其他有關慢性疾病防治事項。
婦幼健康組掌理事項如下：一、生育健康與婦女健康政策之規劃及推動。
二、人工生殖政策之規劃及推動。
三、新生兒與嬰幼兒健康、疾病篩檢之規劃及推動。
四、罕見疾病與遺傳性疾病防治之規劃及推動。
五、兒童、少年健康促進之規劃及推動。
六、口腔、視力與聽力預防保健之規劃及推動。
七、其他有關婦幼健康事項。
社區健康組掌理事項如下：一、社區健康營造之規劃及推動。
二、國民營養監測、調查、教育、宣導及標準之擬訂。
三、肥胖防治、健康生活型態之規劃及推動。
四、健康城市與各類場域健康促進之規劃及推動。
五、其他有關社區健康事項。
菸害防制組掌理事項如下：一、菸害防制政策與相關措施之規劃及推動。
二、菸害防制法制業務之規劃及推動。
三、菸害防制宣導教育之規劃及推動。
四、菸害防制訓練與研究之規劃及推動。
五、戒菸服務之規劃及推動。
六、其他有關菸害防制事項。
監測研究及健康教育組掌理事項如下：一、國民健康監測調查之規劃及執行。
二、國民健康監測調查指標蒐集與資料分析及結果發布。
三、國民健康監測調查資料之管理及加值運用。
四、出生通報之行政管理及資料分析。
五、健康促進有關科技研究之規劃及管理。
六、健康促進傳播之規劃及推動。
七、其他有關監測研究及健康教育事項。
秘書室掌理事項如下：一、文書、檔案、印信、出納、庶務及財產管理。
二、不屬其他組、室事項。
本署處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。
本規程自中華民國一百零二年七月二十三日施行。
本規程修正條文自發布日施行。