衛生福利部為辦理全民健康保險業務，特設中央健康保險署（以下簡稱本署）。
本署掌理下列事項：一、全民健康保險承保業務之研擬、規劃及執行。
二、全民健康保險財務業務之研擬、規劃及執行。
三、全民健康保險醫療給付業務、醫療費用支付業務及醫務管理業務之研擬、規劃及執行。
四、全民健康保險藥品特材業務之研擬、規劃及執行。
五、全民健康保險醫療服務審查業務與醫療品質提升業務之研擬、規劃及執行。
六、全民健康保險制度執行業務之綜合規劃。
七、全民健康保險資訊業務之研擬、規劃及執行。
八、其他有關全民健康保險業務事項。
本署置署長一人，職務比照簡任第十三職等；副署長二人，職務列簡任第十二職等。
前項人員中二人，得依醫事人員人事條例規定，由師（一）級之相關醫事人員擔任。
本署各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。
本署所列各職稱之員額，其總數為二千七百九十七人至三千零三十三人，不受中央政府機關總員額法規定第一類員額高限限制。
本法施行前，本署具有公務人員任用資格之現職人員，其有關比照改任官職等級及退撫事項，由考試院會同行政院另以辦法定之。
但依該辦法改任之人員經銓敘部審定之官職等、俸級所支給之俸給，如低於本法施行前之薪給者，准依其意願補足差額，其差額並同待遇調整而併銷，支領差額期間不得請領生活津貼；或選擇不補足差額，並依規定請領生活津貼。
前項人員，不受公務人員考試法、公務人員任用法有關特考特用及轉調規定之限制。
但再轉調時，以原請辦考試機關及所屬機關、本署之職務為限。
本法施行前，本署未具有公務人員任用資格之現職人員，得適用原有關法令之規定，繼續任用至離職或退休時為止。
本法施行前，本署原聘（僱）用占缺之約聘（僱）人員及原僱用之業務助理，於本法施行後，均列冊管制繼續任原職，並依原適用法令規定之標準，繼續辦理至離職或退休時為止。
本法施行前，本署原進用之駐衛警，其薪津、退職、資遣等依各機關團體學校駐衛警設置管理辦法之規定辦理，其所支給之薪津如低於本法施行前之薪津者，准依其意願補足差額，其差額並隨同待遇調整而併銷，支領差額期間不得請領生活津貼；或選擇不補足差額，並依規定請領生活津貼。
本法施行前，本署原正式編制內之工級人員，依工友管理要點規定繼續僱用，有關比照支領餉給事項依該要點規定辦理。
其所支給之餉給如低於本法施行前之薪給者，准依其意願補足差額，其差額並隨同待遇調整而併銷，支領差額期間不得請領生活津貼；或選擇不補足差額，並依規定請領生活津貼。
第一項、第五項及第六項所稱待遇調整，指全國軍公教員工待遇之調整、職務調動（升）、年度考績（核）晉級或升等所致之待遇調整。
本法於年度中施行者，其因調配人力移撥員額及業務時，所需各項人事行政管理經費，得在原年度預算範圍內調整支應，不受預算法第六十二條及第六十三條規定之限制。