為辦理農田水利事業及維護灌溉管理組織之營運，特依農田水利法（以下簡稱本法）第二十二條第一項規定，設置農田水利事業作業基金（以下簡稱本基金），並依預算法第二十一條規定，訂定本辦法。
本基金為預算法第四條第一項第二款所定特種基金，編製附屬單位預算；下設公、七星、北基、桃園、石門、新竹、苗栗、臺中、南投、彰化、雲林、嘉南、高雄、屏東、宜蘭、花蓮、臺東十七個農田水利事業作業基金，編製附屬單位預算之分預算，以行政院農業委員會（以下簡稱本會）為主管機關，本會農田水利署為管理機關。
本基金之來源如下：一、政府循預算程序之撥款。
二、農田水利設施範圍內依本法第十二條第一項、第十三條第一項、第十四條第二項規定申請許可時所收取規費及依第二十五條規定向使用者收取費用之收入。
三、租金及利息收入。
四、資產處分或活化收益收入。
五、其他收入。
本基金之用途如下：一、農田水利事業之興辦、改善、保養及管理事項之支出。
二、農田水利事業災害之預防及搶救事務之支出。
三、農田水利事業人員人事費。
四、原農田水利會所屬農田水利設施所需使用土地之承租或用地取得事項之支出。
五、其他與農田水利事業有關支出。
農田水利會改制後之資產及負債，依本法第二十三條第一項規定納入本基金管理。
本基金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依公庫法及其相關法令規定辦理。
本基金下設各基金之資金，得於各基金間以轉撥計價方式互相調撥，其作業程序，由主管機關另定之。
本基金為應業務需要，得購買政府公債、國庫券或其他短期票券。
本基金有關預算編製與執行及決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令規定辦理。