本辦法依農田水利法（以下簡稱本法）第十條第四項規定訂定。
依本法第十條第一項拆除合法建築物者，按合法建築物重建價格予以補償；其經主管機關以協議價購方式與合法建築物所有權人達成協議者，按拆遷補償費加發百分之二十之獎勵金。
依本法第十條第一項拆除違章建築者，由主管機關參考各直轄市、縣（市）政府相關拆遷補償標準辦理。
依本法第十條第一項徵用物資、工作物等物料、救災裝備、工程重機械、車輛、船舶或航空器等機具，依主管機關所定費率發給所有權人、操作人員補償費或價款；主管機關未定有費率者，依相關公會所定費率發給；主管機關及相關公會均未定有費率者，由主管機關與各徵用物之所有權人、操作人員協議訂定；協議不成立時，逕由主管機關參照徵用當地時價及物資新舊程度計價定之。
依本法第十條第一項徵用土地、設施（含建築物）之補償或計價，準用土地徵收條例補償規定辦理。
依本法第十條第一項徵調相關專門職業、技術人員及徵用物之操作人員等人工，依主管機關所定費率發給補償費；主管機關未定有費率者，依相關公會所定費率發給；主管機關及相關公會均未定有費率者，由主管機關與各被徵調人協議訂定；協議不成立時，逕由主管機關參照徵調當地時價定之。
依本法第十條第一項規定徵用之徵用物，於徵用期間遭受損壞者，主管機關應予修復或補償；無法修復或滅失時，應解除徵用，並由主管機關按徵用時其使用程度，準用第三條或第四條規定辦理。
徵調或徵用原因消滅時，主管機關應發給廢止徵調或徵用證明文件，將徵用物返還被徵用人；並於廢止徵調或徵用後二個月內發給補償費用。
但徵調或徵用連續每滿一個月者，主管機關應先發給該期間之補償費。
因本法第十條第一項之其他緊急處置遭受損失者，其補償及計價方式，參考市價由主管機關與受損失人協議之。