本準則依農田水利法（以下簡稱本法）第十五條規定訂定之。
主管機關辦理本法第十四條第二項所定非農田排水之水質檢測時，其採樣、保存及檢測方式如下：一、依行政院環境保護署公告之河川、湖泊及水庫水質採樣通則（NIEAW104）與事業放流水採樣方法（NIEAW109）。
二、灌溉水質基準值管制項目與品質項目之檢測方式如附表一及附表二。
主管機關應依下列行政院環境保護署公告之相關指引，執行前條之品質管制事項：一、環境樣品採集及保存作業指引（NIEA-PA102）。
二、環境檢驗室品質管制指引通則（NIEA-PA101）。
三、環境檢驗檢量線製備及查核指引（NIEA-PA103）。
四、環境檢驗品管分析執行指引（NIEA-PA104）。
五、環境檢驗品質管制圖建立指引（NIEA-PA105）。
六、環境檢驗器皿清洗及校正指引（NIEA-PA106）。
七、環境檢驗方法偵測極限測定指引（NIEA-PA107）。
八、環境檢驗儀器設備校正及維護指引（NIEA-PA108）。
九、其他經行政院環境保護署公告之相關指引。
前條所定品質管制事項，主管機關得委任所屬機關（構），或委託學校、法人或其他機關（構）辦理。