本辦法依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第三十條第三項規定訂定之。
本辦法所稱境外航運中心，係指經指定得從事大陸地區輸往第三地或第三地輸往大陸地區貨物之運送或轉運及相關之加工、重整及倉儲作業之臺灣地區國際商港及其相關範圍。
前項境外航運中心之貨物，得以保稅方式運送至自由貿易港區、加工出口區、科學工業園區、保稅工廠、自用保稅倉庫、經海關核准從事重整業務之保稅倉庫及物流中心進行相關作業後全數出口。
第一項運送或轉運及前項相關作業後之貨物，得經由海運轉海運、海運轉空運或空運轉海運轉運出口，與大陸地區之運輸以海運為限。
境外航運中心由交通部會商有關機關在臺灣地區國際商港相關範圍內指定適當地點設置之。
直接航行於經指定之境外航運中心與大陸地區港口間、境外航運中心間之船舶，以下列外國船舶為限：一、外國船舶運送業所營運之外國船舶。
二、中華民國船舶運送業所營運之外國船舶。
三、大陸船舶運送業所營運之外國船舶。
外國船舶運送或轉運大陸地區輸往第三地或第三地輸往大陸地區之貨物，經當地航政機關核准者，得直接航行於經指定之境外航運中心與大陸地區港口間、境外航運中心間。
中華民國船舶運送業或在臺灣地區設有分公司之外國船舶運送業，經營境外航運中心業務，應具備申請書、營運計畫書、船舶一覽表、船期表及其他有關文書，向當地航政機關申請航線及業務許可後，始得營運。
在臺灣地區未設有分公司之外國船舶運送業或大陸船舶運送業應委託中華民國船務代理業，依前項規定申請航線及業務許可後，始得營運。
前二項業者之航線及業務許可期間以二年為限，並應於屆期前一個月提出申請；變更時亦同。
航政機關於必要時，得通知經營境外航運中心業務之業者，提供其裝卸營運量及其他有關文件，供參考或查核。
經許可直接航行於境外航運中心與大陸地區港口間之外國船舶，不得載運臺灣地區以大陸地區為目的地或大陸地區以臺灣地區為目的地之貨物。
大陸地區輸往第三地或第三地輸往大陸地區之武器及彈藥，不得在境外航運中心進行轉運。
港區各相關機關對於在境外航運中心進行作業之貨物，應注意防止走私及危害治安之情事發生。
為順利推動及執行境外航運中心業務，境外航運中心各項作業措施，由各相關業務執行機關擬訂，分別報請其主管機關核定後實施。
未依本辦法規定而直接航行於境外航運中心與大陸地區港口間之船舶，除由當地航政機關廢止其許可外，依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第三十條及第八十五條處理。