中華民國船舶應由船舶所有人向航政機關為所有權之登記，並申請核發船舶國籍證書。
前項船舶國籍證書格式，如附件一。
船舶國籍證書申請書格式，如附件二。
船舶國籍證書有遺失、滅失或破損時，船舶所有人應自發覺或事實發生之日起三個月內，填具船舶國籍證書申請書，並申敘事由，向航政機關申請補發或換發。
船舶國籍證書登載事項有變更、遺漏或錯誤時，船舶所有人應自發覺或事實發生之日起三個月內申請變更記載。
但船名、船舶所有人或船舶用途變更時，應申請換發證書。
航政機關核對船舶國籍證書發覺登載事項與事實不符時，應通知船舶所有人於一個月內，申請變更或換發船舶國籍證書。
船舶所有人於領得換發之國籍證書時，應將舊有證書繳由航政機關註銷。
但因特殊事故未能即時繳銷者，得申敘事由於一個月內繳銷之。
逾期未繳銷者，由航政機關逕行註銷其證書，並於航政機關公告處所及網站公告之。
船舶國籍證書中所填之船舶號數，不得因登載事項之變更而變更。
船舶所有人在國外取得船舶者，得檢附取得船舶或原船籍國之相關證明文件，向航政機關申請核發臨時船舶國籍證書（如附件三），並應自領得該證書之日起三個月內申請發給船舶國籍證書。
在國外港口停泊之船舶，遇有船舶國籍證書遺失、破損，或證書上登載事項變更者，該船舶之船長或船舶所有人得自發覺或事實發生之日起三個月內，向航政機關申請核發臨時船舶國籍證書。
船舶在航行中發生前項情形時，該船舶之船長或船舶所有人應向航政機關為前項申請。
依前二項規定申請臨時船舶國籍證書者，船舶所有人應自領得該證書之日起三個月內，向航政機關申請換發或補發船舶國籍證書。
臨時船舶國籍證書登載事項有變更、遺漏或錯誤時，船舶所有人或船長，應自發覺或事實發生之日起三個月內，填具申請書，並申敘事由，向航政機關申請變更，但船名、船舶所有人或船舶用途變更時，應申請換發。
臨時船舶國籍證書遇有遺失、滅失或破損時，船舶所有人或船長得申敘事由，檢具有效證明文件向航政機關申請補發或換發。
航政機關依前二條規定補發或換發臨時船舶國籍證書時，不得變更原有證書之有效期間。
臨時船舶國籍證書有效期間屆滿，或領得換發之船舶國籍證書時，該臨時船舶國籍證書即失其效力，並應由船舶所有人繳交航政機關註銷。
前項證書因特殊事故未能即時繳銷者，船舶所有人得申敘事由於一個月內繳銷。
逾期未繳銷者，由航政機關逕行註銷其證書並於航政機關公告處所及網站公告之。
申請核、換、補發船舶國籍證書或臨時船舶國籍證書時，應依附表定額繳納證書費。
申請變更船舶國籍證書或臨時船舶國籍證書登載事項時，應依附表定額繳納手續費。
依船舶國籍證書或臨時船舶國籍證書應繳銷而不能繳銷時，船舶所有人應敘明事由，向航政機關申請作廢並註銷。
前項證書註銷作業，得由航政機關於公告處所及網站公告之。
船舶國籍證書或臨時船舶國籍證書有下列情形之一者，船舶所有人未依限申請註銷所有權登記及繳銷證書，而無正當理由者，航政機關得逕行註銷證書並公之：一、依本法第二十一條規定，應繳銷而未依限繳銷，且無正當理由者。
二、因強制執行、行政執行、沒收或沒入，致證書登載船舶所有人變更，經航政機關通知原所有人於一個月內辦理繳銷，屆期未辦理者。
三、辦理所有權繼承登記後，經航政機關通知繼承人於一個月內辦理繳銷，屆期未辦理者。
四、辦理所有權移轉登記後，經航政機關通知原所有人於一個月內辦理繳銷，屆期未辦理者。
前項公告，應於航政機關公告處所及網站為之，其內容應載明船名、船舶所有人、證書名稱、證書序號等項目。