本辦法依離島建設條例第十五條之一第二項規定訂定之。
本辦法所定離島地區如下：一、金門縣。
二、連江縣。
三、澎湖縣。
四、屏東縣琉球鄉。
五、臺東縣綠島鄉及蘭嶼鄉。
設籍於前條離島地區之居民，搭乘國內固定海運航線客船往返於臺灣本島與其設籍之離島間者，應憑國民身分證或戶口名簿正本，始得向縣（市）主管機關申請票價補貼。
前項補貼額度為全額票價之百分之三十。
本辦法施行前已實施票價補貼之航線，其補貼額度高於全額票價之百分之三十者，得維持其原有補貼額度。
縣（市）主管機關申請經費補助，應擬具計畫書函送交通部審議核定。
前項計畫書應敘明下列事項：一、計畫名稱。
二、計畫期程。
三、計畫目標。
四、計畫內容：包括實施航線（船舶）、補貼票價之船票類別、補貼額度、預估補貼總金額及實施方法。
五、稽核方式。
六、預定進度。
七、經費來源。
八、辦理機關與人員。
縣（市）主管機關受理離島地區居民依前條第一項規定申請票價補貼時，應確認補貼對象之身分，並填具補貼名冊（如附件一）後，始得為票價補貼。
縣（市）主管機關應按季檢附補貼名冊及補貼款清冊（如附件二），送交通部核銷撥付。