本辦法依據發展大眾運輸條例(以下簡稱本條例)第十條規定訂定之。
主管機關對下列大眾運輸事業之資本設備投資及營運虧損，得予以補貼：一、市區汽車客運業以經營離島或特殊服務性路線為營業者。
二、公路汽車客運業以經營偏遠、離島、或特殊服務性之路線為營業者。
三、鐵路運輸業以經營特殊服務性路線為營業者。
四、船舶運送業、載客小船經營業，以運輸旅客於臺灣與離島間、離島之間或往來東部地區為營業者。
五、民用航空運輸業以運輸旅客於臺灣與離島偏遠地區間、離島之間，或往來東部地區為營業者。
六、其他經中央主管機關核定之特殊服務方式，提供偏遠、離島、往來東部地區或特殊服務性之路（航）線旅客運送服務者。
前項偏遠、離島、往來東部地區或特殊服務性路（航）線之認定，由主管機關報經中央主管機關核定。
大眾運輸事業補貼由下列機關辦理：一、市區汽車客運業：由直轄市、縣(市)政府辦理。
二、公路汽車客運業：由中央主管機關辦理。
三、鐵路運輸業：由中央主管機關辦理。
四、船舶運送業：由中央主管機關辦理。
五、載客小船經營業：由小船主管機關辦理；小船主管機關為航政主管機關者，由中央主管機關辦理。
六、民用航空運輸業：由中央主管機關辦理。
中央主管機關辦理前項補貼，得委任所屬下級機關執行之；其委任事項及法規依據，應公告並刊登政府公報或新聞紙。
中央主管機關對第二條之大眾運輸事業補貼優先順序如下：一、市區汽車客運業、公路汽車客運業、船舶運送業、載客小船經營業及民用航空運輸業。
二、公營鐵路運輸業。
三、民營鐵路運輸業。
中央主管機關應視年度預算按前項優先順序分配補貼金額，於列為第一優先之業者獲全額補貼後，再為次一優先順位業者補貼，依此類推。
主管機關辦理大眾運輸補貼應訂定作業規定，其內容應載明補貼條件、作業時程、補貼金額之核給、分配比率、監督考核方式及申請所需書表文件等相關事項，並依程序報經中央主管機關核定後實施之。
申請補貼之路（航）線條件，如附件一。
符合前條第二項規定之業者，申請現有路(航)線營運補貼時，應備具下列事項之補貼計畫書，向該管主管機關申請：一、總說明(含前一年度補貼成果及本年度補貼款運用計畫)。
二、申請路(航)線別營運補貼金額概算表。
三、申請路(航)線別營運補貼申請表。
四、民營業者，其前一年路(航)線別之營運年報表、營運月報表及前三年經會計師簽證之下列書表：(一)資產負債表。
(二)損益表。
(三)現金流量表。
(四)股東權益變動表。
(五)運具清冊。
五、民營業者並應提交會計師就第一款至第四款內容所為之補貼評估報告。
六、公營業者，其前二年決算表及當年度初編預算表。
主管機關依第二條規定得予補貼業者經營路（航）線之資本設備投資，包含該路（航）線之運具、場站、轉運站、電子票證系統及相關維運設施等項目。
業者前一年度符合前項之資本設備投資，應檢具買賣契約書影本、交貨簽收單影本及統一發票影本，向主管機關申請，經主管機關審查通過後，併同路（航）線別每車公里、每航次浬合理營運成本計算之。
中央或直轄市主管機關應邀集有關機關代表、學者專家或社會公正人士辦理補貼審查事宜；縣(市)主管機關得比照辦理。
辦理補貼審查之任務如下：一、申請路(航)線別補貼計畫之審查。
二、申請路(航)線別每車公里、每航次浬合理營運成本之審查。
三、資本設備投資合理成本之審查。
四、申請路(航)線別補貼優先順序、分配比率、監督考核事項之審查。
五、原核定路(航)線別補貼計畫修訂之審查。
六、補貼與營運評鑑結果運用方式之審查。
七、合理營運成本及合理資本設備投資成本權重值之審查。
八、其他與補貼相關事宜之審查。
現有路(航)線別資本設備投資及營運虧損補貼金額，依附件二公式計算之。
前項公式之合理營運成本不得包括利潤，且合理營運成本與資本設備投資成本不得重複計算。
依第一項公式計算所得金額為最高補貼金額。
主管機關核定補貼金額時，得視實際情況調整之。
主管機關對於同業別之路(航)線補貼分配比率得依下列條件審定：一、路(航)線營運績效：指經營環境、經營效率或載客情形等。
二、營運損益：指業者本業損益、業外損益情形等。
三、業者經營管理：指評鑑成果、肇事幅度與頻率、違規營業紀錄等。
四、資本設備投資：指資本設備更新、增設成效等。
業者提出申請補貼之路(航)線，主管機關得公告開放此路(航)線，供其他業者參與經營，業者不得提出異議。
業者認有運輸需求，自行提出申請經營之路(航)線，自行駛之日起，三年內就該條路(航)線不得申請補貼。
針對無現營業者或現營業者無繼續經營意願之特殊服務性路（航）線，主管機關得視地方實際需要，以公告方式公開遴選新闢或接續行駛特殊服務性、偏遠、離島或往來東部地區之路（航）線之營運業者。
業者依前項規定參與遴選，應提出營運計畫、財務計畫及補貼計畫書，載明請求補貼年限、補貼金額，送主管機關審查，經評定優先順序後，由主管機關依序與申請業者議約，主管機關並得優先給予補貼。
新闢或接續行駛路(航)線別基本營運補貼金額計算公式，依第十條之規定辦理。
前項公式中之合理營運成本及實際營運收入，由主管機關依據類似路(航)線最近一年營運資料審定之。
主管機關受理並審核路(航)線別營運補貼計畫申請，報經中央主管機關核可後實施。
主管機關應派員抽查考核補貼計畫之執行情況，每月至少二次。
受補貼業者未依核定之補貼計畫執行者，主管機關得依附件三之規定，扣減或中止撥發補貼款。
受補貼業者在同一年度內個別受補貼路(航)線受扣減六個違約基數以上之處分者，除該路(航)線受扣款處分外，主管機關應停止該路(航)線下一年度之補貼申請；主管機關對個別業者同一年度內超過六個違約基數之路(航)線總數達該業者受補貼路(航)線總數一定比例以上者，應停止辦理下一年度該業者之補貼申請。
前項每一違約基數，指受補貼路(航)線之營運里(浬)程數，與受補貼路(航)線單位里(浬)程合理營運成本乘積之值。
主管機關依第一項規定辦理考核所扣減或中止撥發之補貼款，應核給同一年度次一優先順序之申請補貼路線。
受補貼業者應於每年六月及十二月將前半年補貼計畫執行情形報告書連同補貼請款書、受款憑證送該管主管機關，申請補貼款。
但主管機關依第五條規定就作業時程及申請所需書表文件另有規定者，從其規定。
直轄市及縣（市）主管機關應就其補貼計畫實際執行情形，依行政程序審核後，送中央主管機關請款結報核銷。
受補貼之大眾運輸業者，應於補貼路(航)線上之場站或運輸工具裝設電腦票證系統，以供補貼監督及稽核。
大眾運輸業者未設置電腦票證系統前，主管機關得依其檢具之原始證明文件為之。
各級政府執行補貼計畫，其經費分擔比例，原則如下：一、市區汽車客運業：屬於直轄市者，由中央政府分擔三分之一，直轄市政府分擔三分之二；屬於縣(市)者由中央政府與縣(市)政府各分擔二分之一。
二、載客小船經營業：屬於航政主管機關者，由中央政府負擔；屬於直轄市者，由中央政府分擔三分之一，直轄市政府分擔三分之二；屬於縣(市)者由中央政府與縣(市)政府各分擔二分之一。
三、公路汽車客運業、鐵路運輸業、船舶運送業及民用航空運輸業：由中央政府負擔。
主管機關為辦理年度補貼計畫，其所需經費應循預算程序編列之。