第3條大眾運輸事業補貼由下列機關辦理：一、市區汽車客運業：由直轄市、縣(市)政府辦理。二、公路汽車客運業：由中央主管機關辦理。三、鐵路運輸業：由中央主管機關辦理。四、船舶運送業：由中央主管機關辦理。五、載客小船經營業：由小船主管機關辦理；小船主管機關為航政主管機關者，由中央主管機關辦理。六、民用航空運輸業：由中央主管機關辦理。中央主管機關辦理前項補貼，得委任所屬下級機關執行之；其委任事項及法規依據，應公告並刊登政府公報或新聞紙。