本標準依自來水法(以下簡稱本法)第十二條之二第四項規定訂定之。
本標準所稱補償金，指因水質水量保護區劃設後，依本法第十二條之二第三項第三款以一次或分次發放之補償金額。
本標準所稱相關權利人，指土地登記簿記載之他項權利人。
補償金額之計算方式如下：補償金額＝公告土地現值×土地面積×土地受限補償金係數。
前項公告土地現值為水質水量保護區土地受限補償行政契約（以下簡稱行政契約）締結日當期之公告土地現值。
第一項土地面積為土地登記簿記載之面積，且以位於水質水量保護區範圍內面積計之。
第一項土地受限補償金係數如附表。
本標準之補償對象，為位於水質水量保護區內受限制使用之土地，並於申請受限補償之日，土地登記簿記載之土地所有權人或相關權利人。
但其與行政契約締結之日土地所有權人或相關權利人不同時，以締結之日土地登記簿記載者為準。
前項主管機關辦理補償順序為水質水量保護區內受限制使用之私有土地、鄉(鎮、市)有土地、縣(市)有土地、直轄市有土地、國有土地之土地所有權人或相關權利人。
土地所有權人得向當地鄉(鎮、市、區)公所申請土地受限補償，由鄉(鎮、市、區)公所納入年度水源保育與回饋計畫。
鄉(鎮、市、區)公所於計畫核定後，辦理受理締結行政契約公告、契約造冊、查核及締結行政契約事項。
申請補償之土地為共有者，應由全體共有人共同申請之。
所有權人申請土地受限補償時，應檢具下列文件：一、申請書：應載明土地所有權人姓名、地址、受限土地面積、土地使用分區、土地受限補償金係數、申請日期及其他必要事項。
二、土地所有權人身分證明文件影本。
三、最近一個月內地政機關核發之土地登記謄本。
四、受限土地位於都市計畫內者，應另提出土地使用分區證明書。
但土地登記謄本已有記載者，免附。
五、其他必要文件。
前項第三款及第四款文件，得以政府機關電腦資料查明處理者，免附。
第一項公告前，因繼承、強制執行、法院之判決或其他依法律規定，於登記前已取得土地所有權或他項權利者，其權利人應於公告期間內，通知鄉(鎮、市、區)公所其取得權利之情事，並得於變更登記後申請土地受限補償。
第一項公告期間為三十日，利害關係人得於公告期間，附具理由及證據，向鄉(鎮、市、區)公所提出異議。
第三項第一款申請書格式，由中央主管機關定之。
受理締結行政契約之公告期滿，無人提出異議，或異議不成立時，由鄉(鎮、市、區)公所以書面通知土地所有權人締結行政契約。
前項契約締結後，契約當事人應共同填具土地登記申請書，並由土地所有權人代表向地政機關申請辦理已與經濟部或某鄉(鎮、市、區)公所締結行政契約並領取水質水量保護區土地受限補償金，政府機關不再對同一土地發放水質水量保護區土地受限補償金之註記。
土地所有權人應於依前條第二項完成註記後，始得檢具土地註記相關證明文件，向受理土地受限補償之鄉(鎮、市)公所領取補償金。
前項補償金之領取涉及相關權利人者，土地所有權人應與相關權利人達成領取分配之書面協議，始由鄉(鎮、市、區)公所據以依行政契約發給補償金。
鄉(鎮、市、區)公所應於公庫設置土地受限補償金保管專用帳戶，保管領取遲延或不能領取之補償金，並將領取人自領取截止之次日起算，屆滿三個月後未領取之補償金，存入該帳戶保管，同時通知補償金領取人。
領取人得於領取遲延或不能領取原因消滅後，檢具證明文件向鄉(鎮、市、區)公所請求領取補償金。
但自前項通知送達之次日起逾五年未領取之補償金，由鄉(鎮、市、區)公所繳還原水資源相關基金所屬水源保育與回饋費專戶。
土地受限補償金保管專用帳戶所生之孳息，納入其水源保育與回饋費專戶管理運用。