本標準依規費法第七條、第八條及第十條第一項規定訂定之。
申請於中央管河川區域內為各種使用行為者，應依本標準繳納行政規費及河川公地使用費（以下簡稱使用費）。
前項之行政規費，包括審查費、勘查費及許可書費。
申請各種許可使用行為之審查費收費基準如下：一、水利法第七十八條之一第四款規定種植植物、水利法第七十八條之一第六款規定圍築魚塭、插蚵、吊蚵、河川管理辦法第二十八條第一款規定採取少量土石供自用或同條第五款規定之使用行為，每件新臺幣一百元。
二、水利法第七十八條之一第一款規定施設、改建、修復或拆除建造物、水利法第七十八條之一第二款規定排注廢污水、水利法第七十八條之一第三款規定採取土石或河川管理辦法第五十條第一項規定之使用行為，每件新臺幣一萬二千五百元。
三、前二款以外之其他使用行為，每件新臺幣二千元。
申請各種許可使用行為之勘查費收費基準如下：一、水利法第七十八條之一第四款規定種植植物、水利法第七十八條之一第六款規定圍築魚塭、插蚵、吊蚵、河川管理辦法第二十八條第一款規定採取少量土石供自用或同條第五款規定之使用行為，每件新臺幣二百元。
二、水利法第七十八條之一第三款規定採取土石之使用行為，每件新臺幣一萬元。
三、為前二款以外之其他使用行為，每件新臺幣二千元。
新發、補發或換發各種許可書費，每張新臺幣五十元。
但政府機關辦理行政區域調整或門牌整編致許可使用人住址或許可使用土地標示變更須換發許可書者，不予計收。
河川公地許可使用行為，除採取土石依中央管河川採取土石使用河川公地使用費收費標準收取外，其餘使用費，按其使用面積或長度依下列各款計算之：一、水利法第七十八條之一第四款規定之種植植物，每年按前一年之公有土地地租繳納標準百分之七十之金額計之。
但申請案件完成審查前已公告當年公有土地地租繳納標準者，其使用費按當年之公有土地地租繳納標準百分之七十之金額計之。
二、水利法第七十八條之一第六款規定之圍築魚塭、插蚵、吊蚵，每年以每平方公尺新臺幣零點八元計之。
三、水利法第七十八條之一第一款規定之施設鐵路橋、公路橋、農路橋、水管橋、油氣管橋、天然氣管橋、輸水渡槽、電纜管橋、輸電鐵塔等跨河構造物之地面設施、穿越水道或水利設施底部建造物之地面設施、風力發電系統之地面設施、排污水道、運輸路、便橋、越堤路、碼頭、河川管理辦法第二十八條第五款規定之施設臨時性碼頭或其他建造物，每年以鄰近土地每平方公尺最低公告現值百分之五計之。
四、水利法第七十八條之一第一款規定之施設停車場、駕駛訓練場、河川管理辦法第五十條規定之施設賽車運動場、自行車道、漆彈場、高爾夫球練習場、超輕型飛行機具起降場、球類或其他運動場、親水場地，每年以鄰近土地每平方公尺最低公告現值百分之八計之。
五、河川管理辦法第二十八條第六款規定臨時使用行為，每日以鄰近土地每平方公尺最低公告現值萬分之四計之。
六、河川管理辦法第二十八條第八款規定行駛三點五噸以上大貨車或動力機械於水防道路，作為對外交通之使用行為，每公尺每年以路線鄰近土地每平方公尺最低公告現值百分之七計之。
七、水利法第七十八條之一第一款規定之施設纜線附掛之使用行為，每年以每公尺二十四元計之。
八、風力發電系統上空構造外緣垂直動態投影範圍扣除地面設施部分、跨河構造物或穿越水道或水利設施底部建造物投影範圍扣除地面設施部分及前七款以外之其他使用行為，每年以鄰近土地每平方公尺最低公告現值百分之四計之。
前項第一款至第四款及第六至第八款之許可使用，其許可使用費按年計算；未滿一年者，以許可使用日數占全年比例計收使用費。
申請為下列各款使用行為之一者，免收行政規費及使用費：一、政府機關或公法人依水利法第七十八條之一第一款、第二款、第五款規定之使用行為或依河川管理辦法第二十八條第六款規定之大型活動使用行為。
二、河川管理辦法第二十八條第二款、第三款之使用行為、第四款非申請使用剩餘土石方之使用行為、第五款之就地整平使用或第六款之救難演習。
三、於已完成規劃治理之河段，作為自行車道、球類運動場、親水場地，或為河川區域綠美化行為，提供一般大眾使用，且不收取任何費用。
四、原住民於原住民族土地為水利法第七十八條之一各款規定之使用行為。
私有土地所有權人申請在其所有土地上，為水利法第七十八條之一各款規定之使用行為者，免收行政規費。
經取得私有土地所有權人同意並申請於該土地為水利法第七十八條之一第四款規定之使用者，亦同。
經許可使用之河川公地，已向其他機關繳納租金、使用費或依其他法令規定得免收租金、使用費者，於其已繳或免收之期間內，不收取河川公地使用費。
申請於中央管河川區域內為各種使用行為者，除屬前條規定者外，應於申請時繳納審查費及勘查費。
未繳納上開費用者，不予審查，退還其申請書件；經審查後認無會勘必要而駁回其申請者，退還已繳納之勘查費。
一申請案件同時申請數筆土地許可使用者，其審查費及勘查費均以一件計之。
申請河川管理辦法第二十八條第四款規定之許可使用行為所必需之附屬施設或其他使用行為，與原申請案同時申請時，其審查費及勘查費併以一件計之。
前二項之許可書費依其核發之許可書件數收取。
申請使用河川公地，經審查符合規定，且無第七條規定情事者，申請人應於接獲受理機關書面通知後十五日內繳納使用費、保證金及許可書費，受理機關始得核發許可書；屆期未繳納者，駁回其申請。
使用費之徵收，於許可使用前，按其核准期間一次徵收。
但公營公用事業機構施設永久性建造物、種植植物、圍築魚塭或插蚵、吊蚵使用者，於許可使用時徵收當年度許可使用費，第二年起至許可期間屆滿止，應於下列規定期限前，按年徵收許可使用費：一、公營公用事業機構施設永久性建造物：每年一月三十一日前徵收當年期使用費。
二、種植植物、圍築魚塭或插蚵、吊蚵：每年十月三十一日前徵收當年期使用費。
除採取土石使用行為外，其使用費之一次徵收金額在新臺幣一百萬元以上者，申請人得於繳納期限內，向中央管河川管理機關申請分二期至六期繳納，每期間隔以不超過二個月為限。
對前項申請分期繳納者，應自原繳納期限屆滿之次日起，至繳費之日止，依原繳納期限屆滿之日郵政儲金匯業局之一年期定期存款利率，按日加計利息，一併徵收。
申請人對分期繳納之任何一期應繳納使用費，未如期繳納者，中央管河川管理機關應於該期繳納期限屆滿之次日起十五日內，就未繳清之使用費餘額，發單通知申請人，限十日內一次全部繳清。
河川公地使用人申請停止使用或因受洪水災害，致許可使用之土地全部流失而無法整復使用者，經河川管理機關查證屬實後，按未使用日數比例退還已繳納之使用費。
但河川公地申請種植植物、圍築魚塭或插蚵、吊蚵之使用行為受洪水災害者，依下列規定辦理：一、受洪水災害致土地全部流失而無法整復使用者，減免當年期使用費；已繳納者，退還之。
二、受洪水災害，土地仍得整復使用者，減半徵收當年期使用費；已繳納者，減半退還之。
因非可歸責於使用人之事由致使用許可經河川管理機關廢止者，按未使用日數比例退還已繳納之使用費。