本辦法依再生水資源發展條例（以下簡稱本條例）第六條第二項規定訂定之。
本條例第六條第一項所稱直轄市、縣（市）主管機關自提再生水開發案，指非位於水源供應短缺之虞地區直轄市、縣（市）政府所提再生水開發案，並符合下列情形之一者：一、以所開發之再生水取代現有自來水用戶使用之全部或部分自來水量。
二、其他經行政院核定之重大產業政策或區域開發計畫所需。
直轄市、縣（市）主管機關依本條例第五條第二項及第六條第一項辦理之再生水開發案，應檢附再生水開發案計畫書，向中央主管機關申請補助其興建再生水相關設施之建設費用（以下簡稱建設費用）。
前項再生水開發案如與公共下水道系統合併興辦或納入既有公共下水道系統辦理者，應向中央下水道主管機關申請補助建設費用。
前二項申請補助建設費用之再生水開發案計畫書內容，應依行政院所屬各機關中長程個案計畫編審要點或受理申請補助機關規定格式擬訂。
依前條第一項規定辦理者，應依重大水利建設計畫財務規劃審查作業要點之補助比率及程序，審議後核定之；依前條第二項規定辦理者，應依中央對直轄市及縣（市）政府補助辦法之污水下水道工程補助比率及程序，審議後核定之。
為扶植發展再生水資源及考量地區水資源情勢，並配合國家整體發展維持區域供水穩定，中央主管機關及中央下水道主管機關得報行政院申請專案補助，不受前項補助比率之限制。
補助所需經費，由中央主管機關或中央下水道主管機關編列預算或相關基金支應之。