本辦法依貿易法（以下簡稱本法）第二十條之二第四項規定訂定之。
原產地證明書分為原產地為我國之原產地證明書及原產地為外國之原產地證明書。
原產地為外國之原產地證明書分為外貨復出口之原產地證明書及貨品由第三國直接輸往進口國之原產地證明書。
外貨在我國進行加工後復出口，其加工未符合以我國為原產地之情形者，得申請我國之加工證明書。
申請原產地證明書或加工證明書，其申請書之種類、內容及應記載事項，由經濟部國際貿易局（以下簡稱貿易局）依各項貨品或用途之需要分別定之。
輸出貨品以我國為原產地者，應符合下列各款情形之一：一、貨品在我國境內完全取得或完全生產者。
二、貨品之加工、製造或原材料涉及我國與其他國家或地區共同參與者，以在我國境內產生最終實質轉型者為限。
依據臺灣製產品MIT微笑標章驗證制度取得臺灣製產品MIT微笑標章之產品得以我國為原產地，但該制度之臺灣製原產地認定條件仍應符合前項規定。
前條第一項第一款所稱完全取得或完全生產之貨品如下：一、在我國境內挖掘出之礦產品。
二、在我國境內收割或採集之植物產品。
三、在我國境內出生及養殖之活動物。
四、在我國境內活動物取得之產品。
五、在我國境內狩獵或漁撈取得之產品。
六、在我國註冊登記之船舶自海洋所獲取之漁獵物及其他產品或以其為材料產製之產品。
七、自我國領海外具有開採權之海洋土壤或下層土挖掘出之產品。
八、在我國境內所收集，且僅適用於原料回收中使用過之物品或製造過程中所產生之賸餘物、廢料。
九、在我國境內取材自前八款生產之貨品。
第三條第一項第二款所稱實質轉型，除貿易局為配合進口國規定之需要，或視貨品特性，或特定區域另為認定者外，指下列各款情形之一：一、原材料經加工或製造後所產生之貨品與其原材料歸屬之我國海關進口稅則前六位碼號列相異者。
二、貨品之加工或製造雖未造成前款所述號列改變，但附加價值率超過百分之三十五或特定貨品已符合貿易局公告之重要製程者。
前項第二款附加價值率之計算公式如下：【貨品出口價格（F.O.B.）－直、間接進口原材料及零件價格（C.I.F.）】／【貨品出口價格（F.O.B.）】。
貨品僅從事下列作業者，視為非實質轉型：一、運送或儲存期間所必要之保存作業。
二、貨品為銷售或裝運所為之分類、分級、分裝、包裝、加作記號或重貼標籤等作業。
三、貨品之組合或混合作業，未使組合後或混合後之貨品與被組合或混合貨品之特性造成重大差異。
四、簡單之切割或簡易之接合、裝配或組裝等加工作業。
五、檢測、簡單之乾燥、稀釋或濃縮作業而未改變其性質。
外貨復出口之原產地證明書應以下列文件之一所載之原產國為原產地：一、原產國原產地證明書。
二、原進口報單影本。
貨品由第三國直接輸往進口國之原產地證明書應以原產國原產地證明書所載之原產國為原產地。
依本法第二十條之二第一項或第二項本文簽發原產地證明書或加工證明書之財團法人、工業團體、商業團體、農會、漁會、省級以上之農業合作社或省級以上之農產品產銷協會，應符合下列條件：一、財團法人（一）屬經濟部監督之經濟事務財團法人。
（二）捐助章程之業務項目含接受政府委託核發產業所需相關證明。
二、工、商業團體（一）最近二年經人民團體主管機關評鑑為甲等以上或經人民團體主管機關認定最近二年會務運作正常。
（二）前一年內無受貿易局停止六個月以上簽發原產地證明書或加工證明書之處分或終止委託之紀錄。
三、農會（一）縣（市）級以上之農會。
（二）最近二年經其主管機關考核為甲等以上或認定最近二年會務運作正常。
（三）組織章程之業務項目含接受政府委託或經其主管機關特准辦理事項。
（四）前一年內無受貿易局停止六個月以上簽發原產地證明書或加工證明書之處分或終止委託之紀錄。
四、漁會、省級以上之農業合作社或省級以上之農產品產銷協會（一）最近二年經其主管機關考核為甲等以上或認定最近二年會（社）務運作正常。
（二）組織章程之業務項目含接受政府委託或經其主管機關特准辦理事項。
（三）前一年內無受貿易局停止六個月以上簽發原產地證明書或加工證明書之處分或終止委託之紀錄。
工業團體、商業團體、農會、漁會、省級以上之農業合作社或省級以上之農產品產銷協會，符合前條簽發條件，得於貿易局公告之期間內，向貿易局申請核准其簽發本法第二十條之二第二項但書之特定原產地證明書。
但簽發單位有下列情形之一者，貿易局得不予核准：一、不符合國際條約、協定、國際組織規範或外國政府之要求。
二、簽發單位申請時之前一年內受停止簽發原產地證明書之處分。
三、簽發單位申請時之前一年內未有簽發原產地證明書之紀錄。
四、經廢止核准之日起至重新申請之日止未滿一年。
前項簽發單位經核准後，應檢具使用於原產地證明書之簽發單位章戳送貿易局審查；其章戳變更時，亦同。
經貿易局核准簽發特定原產地證明書之簽發單位，依本法第二十八條第三項規定受停止簽發特定原產地證明書處分，停止簽發期滿，欲簽發特定原產地證明書者，須依第一項規定重新申請。
簽發單位有下列情形之一者，貿易局得廢止前條第一項之核准：一、自核准日期滿一年，前一年度簽發特定原產地證明書數量未達六十件。
二、申請終止簽發特定原產地證明書。
三、違反本辦法或特定原產地證明書原產地規則簽發規定，經通知限期改善，屆期仍不改善。
前項第一款規定，工業團體之工業同業公會簽發特定原產地證明書數量達五十件以上，且檢具相關事證，經貿易局認定符合所屬產業特性之貨品並簽發予所屬會員者，得不予廢止。
財團法人、工業團體、商業團體、農會、漁會、省級以上之農業合作社或省級以上之農產品產銷協會，依本法第二十條之二第一項或第二項本文簽發原產地證明書或加工證明書，應事先檢具下列文件送貿易局，由貿易局審定後委託或備查：一、依法核准設立及符合第七條條件之證明文件。
二、使用於原產地證明書或加工證明書上之簽發單位章戳、簽發人員之簽名樣章及簽發單位聘僱該簽發人員之薪資或投保勞工保險等證明文件。
三、符合貿易局規定簽發原產地證明書或加工證明書之軟硬體設備清單。
四、原產地證明書或加工證明書線上作業系統使用申請書。
使用於原產地證明書或加工證明書之簽發單位章戳及簽發人員之簽名樣章變更時，應先送貿易局辦理變更。
本辦法所稱原產地證明書及加工證明書申請人（以下簡稱申請人），指出口報單之出口人。
但經貿易局專案核准者，不在此限。
原產地證明書或加工證明書之出口人名稱欄如填載為申請人或出口報單買方以外之第三人，除依本辦法相關規定辦理外，應另檢具申請人與該第三人之交易相關證明文件影本，或另檢附經貿易局專案許可文件辦理。
貨品由第三國直接輸往進口國之原產地證明書申請人，指國內賣方。
申請人及簽發單位，除經貿易局同意者外，應以電子資料傳輸方式，透過貿易局建置之原產地證明書及加工證明書線上作業系統（以下簡稱作業系統），辦理原產地證明書或加工證明書申請及簽發業務。
但貿易局電腦系統故障時，得先以書面方式辦理；其作業方式，由貿易局另行公告之。
申請人應以下列方式為前條電子資料傳輸：一、連結貿易局網站，登錄並傳輸原產地證明書或加工證明書資料。
二、透過關港貿單一窗口傳輸原產地證明書或加工證明書資料。
申請人透過作業系統申辦證明書前，除使用經濟部簽發之工商憑證者外，其他應先連結貿易局網站，向貿易局申請使用者識別碼及密碼。
前項申請人不具出進口廠商資格者，須檢附相關證明文件。
原產地證明書或加工證明書申請書送達簽發單位後，申請人不得修正內容。
以電子資料傳輸之原產地證明書或加工證明書申請案件，經作業系統記錄為已收件，即生送達之效力。
原產地證明書或加工證明書申請案件經作業系統記錄為核可，即生核准之效力；申請人得申請列印原產地證明書或加工證明書，或申請將原產地證明書或加工證明書電子資料提供通關網路業者為跨國境傳輸使用。
簽發單位簽發原產地證明書或加工證明書份數，限正本三份及副本六份以內；申請人因業務需要得敘明增加份數理由，由簽發單位簽發，但以正本五份及副本十份為限。
原產地證明書或加工證明書須有簽發單位章戳及簽發人員簽章後始生效力。
申請原產地為我國之原產地證明書，除符合第二十一條第一項規定外，應於貨品經海關放行後申請；申請時，應檢具下列資料向簽發單位申辦。
但得透過作業系統登錄及查詢之資料，不在此限：一、申請書。
二、出口報單或其他相關出口證明文件；屬第四條第六款或第七款之產品，於我國境外出售者，得免附出口報單影本，但應檢附其他證明文件。
三、依其他相關規定應檢附之文件。
申請外貨復出口原產地證明書，除符合第二十一條第一項規定外，應於貨品經海關放行後辦理，並檢具下列資料申辦。
但得透過作業系統登錄及查詢之資料，不在此限：一、申請書。
二、原產國產地證明書或原進口報單。
三、出口報單。
四、其他依規定應檢附之文件。
無法檢附前項第二款之文件者，得以已於貨品說明欄或備註欄註明生產國別之出口報單證明用聯或可以作業系統查詢貨品名稱欄已載明原產國別之出口報單代替之。
申請貨品由第三國直接輸往進口國之原產地證明書，應檢具下列資料申辦。
但得透過作業系統登錄及查詢之資料，不在此限：一、申請書。
二、原產國或第三國之原產地證明書影本。
三、第三國之提單影本或載有進出口地之運送單據影本。
四、其他依規定應檢附之文件。
外貨於我國港口轉口至他國，申請人申請外貨復出口原產地證明書，應於貨品經海關放行後始准辦理，並檢具下列資料申辦。
但得透過作業系統登錄及查詢之資料，不在此限：一、申請書。
二、海關之轉運准單。
三、原輸出國產地證明書。
四、其他經貿易局專案許可之相關證明資料。
申請加工證明書，除符合第二十一條第一項規定外，應於貨品經海關放行後辦理；申請時，應檢具下列資料向簽發單位申辦。
但得透過作業系統登錄及查詢之資料，不在此限：一、申請書。
二、原產國之原產地證明書或原進口報單。
三、出口報單或其他相關出口證明文件。
有下列情形之一者，申請人於貨品經海關放行前，得申請原產地為我國之原產地證明書、原產地為外國之原產地證明書或加工證明書：一、依進口國政府要求，須檢附原產地證明書或加工證明書申請輸入許可或辦理進口通關。
二、原產地證明書或加工證明書須隨同貨品一併運送，或貨品已向海關申報進倉，但出口報單尚未放行，或運輸期間在三日以內。
三、依優質企業認證及管理辦法向海關申請核准為優質企業。
四、經貿易局公告之特定貨品。
前項申請，應檢具下列資料向簽發單位申辦。
但得透過作業系統登錄及查詢，或簽發單位得以網路查詢之資料，不在此限：一、申請書。
二、出進口廠商登記、公司登記、商業登記證明文件影本。
三、符合前項條件之相關證明文件。
四、商業發票或交易契約文件。
五、屬外貨復出口原產地證明書或加工證明書，另須檢附原產國產地證明書或原進口報單影本。
六、其他依規定應檢附之文件。
申請人應於前項原產地證明書或加工證明書簽發後一百八十日內或貿易局公告之期限內，透過作業系統登入海關放行之出口報單號碼及項次，或檢具相關出口證明文件，向原簽發單位申請補結案。
前項補結案之申請超過一百八十日，應檢附貿易局專案許可文件辦理。
申請人有下列情形之一者，簽發單位不得受理其前條之申請：一、受貿易局撤銷、廢止或註銷出進口廠商登記或受停止出口處分之申請人。
二、未依前條規定於三十日內或貿易局公告之期限內辦理補結案。
三、貨品業經海關通關放行。
申請人應於貨品出口放行後一百八十日內，依第十六條至第二十條規定檢具證明文件申請原產地證明書或加工證明書。
但得透過作業系統登錄及查詢之資料，不在此限。
前項之申請超過一百八十日，應檢具海關核發之出口報單證明用聯向貿易局申請專案許可。
但得透過作業系統登錄及查詢之資料，不在此限。
同一出口報單分批申請產證，應於第一次取得產證之日起十五日內申請。
但經貿易局專案許可者，不在此限。
申請原產地證明書或加工證明書註銷或註（繳）銷換發者，申請人應檢具原核發之原產地證明書或加工證明書全份，向原簽發單位申請辦理；無法檢附正本者，應檢附貿易局專案許可文件辦理。
前項註（繳）銷換發，限換發同證號原產地證明書或加工證明書。
但換發不同之證明書類別不在此限。
申請原產地證明書或加工證明書遺失補發者，申請人應檢具說明資料，向原簽發單位申請辦理；補發後再申請遺失補發者，應另檢附貿易局專案許可文件辦理。
申請辦理原產地證明書或加工證明書註銷、註（繳）銷換發或遺失補發，應自簽發單位簽發之日起一百八十日內為之。
原產地證明書或加工證明書不得塗改；其經塗改者，無效。
簽發單位對申請人提供之申請資料，應負保密責任。
申請人提供之書面資料，簽發單位應自簽發之日起保存三年，以供貿易局查核，期滿予以銷毀。
原產地證明書或加工證明書電子資料，應自簽發之日起保存五年，期滿予以銷毀。
貿易局得隨時派員查核簽發單位之簽發作業。
簽發單位對於申請人申請簽發原產地證明書或加工證明書時，發現有虛偽不實情事或原產地認定之質疑，應報請貿易局處理。
貿易局得要求申請人提供原產地證明書之貨品來源證明文件資料或加工證明書之加工證明文件資料，以供查核其原產地或加工事實。
前項文件資料，申請人應自簽發之日起保存五年。
簽發單位簽發、繳（註）銷換發及遺失補發原產地證明書或加工證明書，其收費數額，每件新臺幣二百五十元。
簽發單位簽發原產地證明書或加工證明書份數超過正本三份、副本六份，每增加一份酌收新臺幣五十元工本費。
第二條至第五條、第七條、第十五條至第十七條、第二十一條至第二十六條之事項，於國際條約、協定、協議或其授權商定文件有規定者，不適用之；如國際條約、協定、協議或其授權商定文件未規定者，仍應依本辦法之規定辦理。
本辦法自中華民國一百零五年八月一日施行。
本辦法中華民國一百零七年四月三日修正之條文，自一百零七年四月十日施行。