本辦法依加工出口區設置管理條例第十二條第四項之規定訂定。
建築物原供合法營業之用，因更新計畫而致停止營業或營業規模縮小之損失，由經濟部加工出口區管理處（以下簡稱管理處）或分處給予補償。
合法營業用之建築物拆除致停止營業，其損失補償，依該事業最近三年向稅捐稽徵機關申報之營利事業所得稅結算申報書內所載營業淨利加利息收入減利息支出之平均數定之。
合法營業用之建築物部分拆除致營業規模縮小，其損失補償，依實際拆除營業面積與營業總面積之比，乘以該事業最近三年向稅捐稽徵機關申報之營利事業所得稅結算申報書內所載營業淨利加利息收入減利息支出之平均數定之。
前項拆除部分為事業經營之主體或主要設施，致剩餘部分已無法繼續營業者，其損失補償，依第一項之標準定之。
營業損失，未能依前三項規定計算者，按實際拆除合法營業用建築物之面積，依下列方式計算補償：一、拆除之面積在十五平方公尺以下者，發給新臺幣六萬元。
二、拆除之面積超過十五平方公尺未達一百五十平方公尺者，其超過前款部分，每平方公尺發給新臺幣一千元；未滿一平方公尺者，以一平方公尺計算。
三、拆除之面積一百五十平方公尺以上者，其超過前二款部分，每平方公尺發給新臺幣六百元；未滿一平方公尺，以一平方公尺計算。
前項面積以登記或申報營業之建築物面積為限。
區內事業因更新計畫，被徵收建築物時，其動力機具、生產原料、經營設備或其他須遷移者，由管理處或分處發給遷移費。
前條動力機具、生產原料、經營設備或其他須遷移者，其所需拆卸、搬運及安裝費用之補償標準如下：一、技術工每工新臺幣二千元。
二、普通工每工新臺幣一千八百元。
三、搬遷以載重五噸車計算車次，含搬運工資每車新臺幣五千元。
四、載重五噸以上未達十五噸卡車，含搬運工資每車新臺幣八千元。
五、載重十五噸以上卡車，含搬運工資每車新臺幣一萬元。
管理處或分處應將更新計畫拆遷範圍及時間公告。
前項公告期間為三十天。
區內事業廠區可分區分期拆遷者，管理處或分處得核定分區分期之搬遷時間及範圍。
第一項拆除時間，應於拆除日前二十天以書面通知該應拆遷建築物之所有權人或使用人。
更新計畫範圍內之建築物，應由管理處或分處通知該區內事業會同勘查清點，作成紀錄；該區內事業如經通知二次未到，由管理處或分處自行勘查清點及紀錄；其經勘查後再行設置者，不予補償。
依本辦法得領取之補償費及遷移費，管理處或分處應於公告拆遷期限屆滿後三十日內發放。
前項費用發放時間、地點及應備證件，應由管理處或分處以書面通知。
第一項費用未於通知期限內具領，經再限期通知仍未領取者，管理處或分處應將該款項提存於法院。
區內事業應於公告拆遷期限內完成拆遷；未依限拆遷者，不予補償。
區內事業原承租之土地，管理處或分處應於補償費發給完竣之日，終止契約，收回土地。
本辦法所訂之拆遷補償，其查估工作，如因項目特殊或人力不足，得委託具公信力之機構辦理。