本辦法依學校型態實驗教育實施條例（以下簡稱本條例）第十七條第二項規定訂定之。
依本辦法所辦理之評鑑，應具有協調溝通之精神，以引導、協助及促進實驗教育學校落實特定教育理念為目的。
各該實驗教育學校主管機關（以下簡稱各該主管機關）應於學校型態實驗教育計畫（以下簡稱實驗教育計畫）期間辦理評鑑；其辦理期程如下：一、高級中等以下教育階段：每三年辦理評鑑一次；第一次評鑑應於實驗教育計畫執行滿二年之次日起算六個月內完成。
二、專科以上教育階段：每四年辦理評鑑一次；第一次評鑑應於實驗教育計畫執行滿二年六個月之次日起算六個月內完成。
三、實驗教育計畫就評鑑之實施及完成期程另有規定者，依該計畫之規定辦理，不受前二款規定之限制。
各該主管機關應於評鑑一年前，辦理評鑑協調會，就評鑑之人員、內容、期日、期程及實施方式，與實驗教育計畫主持人（以下簡稱計畫主持人）及實驗教育學校協調並達成共識。
計畫主持人應於每次各該主管機關通知之評鑑期日六個月前，依評鑑內容，檢附自我評鑑報告書，送各該主管機關辦理評鑑。
依本條例規定申請設立或改制之實驗教育學校，依本辦法規定辦理評鑑者，免再參加一般高級中等以下學校或大專校院評鑑。
評鑑應包括下列內容：一、高級中等以下教育階段：（一）實驗教育計畫之執行。
（二）學生權益之維護。
（三）學生學習之發展。
（四）財務之透明健全。
（五）相關法規之遵行。
（六）其他主管機關會商實驗教育學校後，規定與實驗教育相關之事項。
二、專科以上教育階段：（一）實驗教育計畫之執行。
（二）教學品質保證機制之規劃及運作。
（三）學生學習及研究之支持。
（四）財務之透明健全。
（五）相關法規之遵行。
（六）其他主管機關會商實驗教育學校後，規定與實驗教育相關之事項。
各該主管機關得自行或委託公、私立大學、經核准立案之學術團體或專業評鑑機構（以下均簡稱評鑑單位）組成評鑑小組辦理評鑑。
前項所定學術團體或專業評鑑機構，應符合下列條件：一、經核准立案之全國性學術團體或經核准立案且設立宗旨與教育事業相關之全國性民間團體或專業機構。
二、有專業客觀之評鑑實施計畫，包括足夠之評鑑領域專家學者、完善之評鑑委員遴選與培訓制度、足夠之行政人員及健全之組織及會計制度。
評鑑小組應就計畫主持人提出之自我評鑑報告書，進行書面審查及實地評鑑。
前項實地評鑑，由評鑑小組成員前往受評鑑之實驗教育學校，以資料檢閱、參觀設施、觀察與訪談、綜合座談或其他方式為之，並於一個月內作成評鑑報告書，送學校型態實驗教育審議會（以下簡稱實驗教育審議會）審議。
實地評鑑時，評鑑小組成員應全程親自出席，不得代理。
評鑑小組成員五人至七人，由各該主管機關或評鑑單位於實驗教育計畫期間，邀集實驗教育審議會委員及實驗教育學者、專家組成。
評鑑小組成員及參與評鑑相關人員，與受評鑑之實驗教育學校間，不得有下列情形之一：一、有行政程序法第三十二條第一款至第四款及第三十三條第一項第二款規定之迴避事由。
二、曾參與該實驗教育計畫之執行。
三、其他有具體事實經主管機關認定於執行職務有偏頗之虞者。
評鑑小組成員及參與評鑑相關人員，對評鑑工作所獲取之各項資訊，應負保密義務。
實驗教育計畫評鑑結果（以下簡稱評鑑結果），分為優良、良、待改善及不通過四種。
評鑑結果為優良者，各該主管機關應予獎勵。
評鑑結果為優良或良者，各該主管機關得作為審議續辦申請之參考。
評鑑結果為待改善者，各該主管機關得對實驗教育學校予以輔導、糾正或限期整頓改善；其經限期整頓改善，屆期未完成者，各該主管機關得視情節輕重，經實驗教育審議會審議通過後，予以減少招生人數、停止招生或令其停辦實驗教育計畫。
評鑑結果為不通過者，各該主管機關得經實驗教育審議會審議通過後，令實驗教育學校停辦實驗教育計畫。
評鑑結果為良、待改善或不通過者，計畫主持人得於通知送達之次日起十五日內，向各該主管機關申復，並以一次為限。
各該主管機關受理前項申復後，除原評鑑程序或事實認定有嚴重瑕疵應重新評鑑外，應於二十日內回復處理結果。
各該主管機關至遲應於實地評鑑後三個月內，將實驗教育審議會審議之評鑑結果，通知計畫主持人及實驗教育學校；評鑑結果為優良者予以公告，評鑑結果為良、待改善及不通過者，得延至申復獲致結果後公告。
計畫主持人得依本條例第十一條第一項規定，於實驗教育計畫結束六個月前，檢具歷次評鑑結果、成果報告書及後續之實驗教育計畫，向各該主管機關申請續辦。
計畫主持人不服評鑑結果者，應於不服各該主管機關依該結果所為行政處分依法提起訴願時，一併主張之。