國立自然科學博物館（以下簡稱本館）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。
館長綜理館務，並指揮、監督所屬人員；副館長襄助館長處理館務。
主任秘書權責如下：一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
本館設下列組、室、中心：一、生物學組。
二、地質學組。
三、人類學組。
四、科學教育組，分二科辦事。
五、展示組，分二科辦事。
六、營運典藏與資訊組，分四科辦事。
七、秘書室，分三科辦事。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。
十一、自然科學教育園區管理中心，分三科辦事。
生物學組掌理事項如下：一、生物學各學門標本與資料之蒐集、保存、購置、管理、研究及鑑定，並提供國內外專家學者之核對及研究。
二、生物學各學門調查研究計畫及學術研究活動之執行。
三、植物種資之採集、整理保存及資料建檔。
四、植物園展示及教育活動之辦理。
五、本館庭園及相關植物活體展示之養護管理。
六、其他有關生物學事項。
地質學組掌理事項如下：一、地質學標本與資料之蒐集、保存、購置、管理、研究及鑑定，並提供國內外專家學者之核對及研究。
二、地質學調查研究計畫及學術研究活動之執行。
三、其他有關地質學事項。
人類學組掌理事項如下：一、人類學各學門（包括考古學、民族學、體質人類學）標本與資料之蒐集、保存、購置、管理、研究及鑑定，並提供國內外專家學者之核對及研究。
二、人類學各學門調查研究計畫及學術研究活動之執行。
三、其他有關人類學事項。
科學教育組掌理事項如下：一、各項自然科學教育活動計畫之研究、發展、規劃、執行及評估。
二、各項展示之解說導覽服務、幼兒科學教育活動及自然科學教育諮詢服務工作之推廣。
三、自然科學教育教材、教具之研究發展與外借服務、刊物之編纂、印製及發行。
四、自然科學教育巡迴活動之規劃及執行。
五、志願服務人力之運用及輔導。
六、其他有關科學教育事項。
展示組掌理事項如下：一、展示主題、項目與說明之規劃、設計、製作、維護管理及更新。
二、各劇場之營運管理、規劃、研擬、執行、儀器操作維護、影片與多媒體之租借、購置、規劃及製作。
三、太空科學劇場星象教育活動之推廣。
四、多媒體節目與海報之規劃及製作。
五、各項特別展示與巡迴展示之規劃及製作。
六、其他有關展示事項。
營運典藏與資訊組掌理事項如下：一、整體營運發展計畫與行銷策略之擬訂及執行。
二、館（校）際合作與國際交流事項之擬議及推動。
三、本館創新、加值應用與研發成果智慧財產權之管理、授權、規劃、研究及執行。
四、標本典藏政策與蒐藏作業程序之擬訂、執行、督導考核，及蒐藏庫房之管理、安全維護。
五、媒體公關、觀眾服務、票務與場地管理、展場公共設施維護及護理師之管理。
六、本館資訊應用環境、資訊服務策略之規劃與管理、資通安全之規劃及推動。
七、圖書資訊之編目、典藏、閱覽、諮詢服務、館際合作、交換與圖書資訊網路及資料庫之建立、維護。
八、其他有關營運典藏及資訊事項。
秘書室掌理事項如下：一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
三、財產、駐衛警之管理。
四、不屬其他各組、室、中心事項。
自然科學教育園區管理中心掌理事項如下：一、各園區生態復育計畫、生態教育與生物多樣性維護之教學活動規劃及研究。
二、各園區珍貴特殊地質資產、地震遺址之保存與教學活動、學術研究計畫、學術研究活動之擬訂及規劃。
三、地球科學、地震知識與生命教育推廣活動計畫之研擬及執行。
四、各園區特展、紀念活動、學校與社區重建活動之規劃及執行。
五、各園區解說導覽設施內容之規劃設計、執行及導覽人員、志願服務工作人員之訓練。
六、天然災害防救教育之推廣及研究。
七、其他有關管理中心工作事項。
本館處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。