國立海洋科技博物館（以下簡稱本館）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。
館長綜理館務，並指揮、監督所屬人員；副館長襄助館長處理館務。
本館設下列組、室：一、研究典藏組。
二、展示教育組。
三、經營管理組。
四、產學交流組。
五、工務機電組。
六、秘書室。
七、人事室。
八、主計室。
研究典藏組掌理事項如下：一、海洋科學與科技相關領域之研究、開發及創新。
二、海洋科學與科技相關調查設備、機儀、工具之設計及開發。
三、海洋科技相關物件及海洋生物、標本與文獻資料之實驗、鑑定、蒐集、製作、典藏、研究及數位典藏業務之執行。
四、館藏圖書、期刊之採購、流通及管理。
五、研究典藏中心與附屬研究典藏設施之營運及管理。
六、其他有關研究典藏事項。
展示教育組掌理事項如下：一、海洋科學與科技展示主題之擬訂、企劃及特別展示之規劃、執行。
二、委外營運團隊展示、特別展示及劇場節目規劃之審核。
三、數位博物館與數位學習業務之規劃及執行。
四、中小學、終身學習之海洋教育教學活動與教材教案之研究、企劃及推廣。
五、教育中心與附屬教育設施之營運及管理。
六、志工招募、導覽培訓、教育訓練與管理之規劃及執行。
七、海洋教育推廣圖書、折頁、視聽教材等出版品之規劃及發行。
八、其他有關展示教育事項。
經營管理組掌理事項如下：一、館務規劃、館務長期發展方向及營運管理計畫之擬訂。
二、民間參與相關業務之規劃、管理及督導。
三、宣傳、行銷、服務資訊之彙整及傳輸。
四、資訊作業之管理及維護。
五、展示軟硬體設備及機具維護工作之監督管理。
六、其他有關經營管理事項。
產學交流組掌理事項如下：一、與國內、外博物館、研究機構、學校、團體產學合作、學術交流、館際合作之規劃及執行。
二、海洋生物之蓄養技術開發、活體蒐集、館際交換與水生生物之救護及收容。
三、望海巷海灣環境監測與生物資源保育、復育之規劃及執行。
四、海洋生物活體展示之規劃及執行。
五、潮境海洋中心與附屬設施之營運及管理。
六、其他有關產學交流事項。
工務機電組掌理事項如下：一、館區建物、戶外公共設施、研究設施之水電、電機、機械及管路設備之維護。
二、館區營繕工程與建築物公共安全之維護及設施修繕。
三、館區環保、勞工安全、消防安檢及保全之督導。
四、景觀之規劃及管理。
五、公務車輛之管理、維護、保養及油料之採購。
六、其他有關工務機電事項。
秘書室掌理事項如下：一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、出納、財務、營繕、採購及其他事務之管理。
三、車輛管理之督導考核。
四、媒體公關事務之政策規劃、研擬、執行及管考。
五、不屬其他各組、室事項。
本館處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。