本辦法依資源回收再利用法第二十三條第二項規定訂定之。
本辦法用詞定義如下：一、資源回收再利用事業：指依資源回收再利用法第十五條第二項及第四項所定管理辦法納入管理範圍之事業。
二、設備：指於資源回收再利用過程中，具有分類、拆解、分離、反應、濃縮、再製或焚化等功能，或為防治於回收再利用過程中所排放之污染物，使符合環境保護法令規定之設施、機具或設備。
三、研究支出：指為資源回收再利用，而從事有關新產品或新技術、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之下列費用：（一）研究單位專門從事研究工作之全職人員之薪資。
（二）生產單位為改進原有機器設備效能、製造或自行設計生產機器設備、改善儀器之性能、現有產品之生產程序或系統、設計新產品之生產程序或系統、發展新原料或組件、提高能源使用效率及廢熱之再利用及公害防治或處理技術之設計。
（三）具有完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，供研究單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用。
（四）專供研究單位研究用全新儀器設備之購置成本。
（五）專供研究單位用建築物之折舊費用或租金。
（六）專為研究購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。
（七）委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。
（八）經中央目的事業主管機關及財政部專案認定之委託國外大專校院或研究機構研究或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。
（九）其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究之支出。
四、購置成本：指取得設備所支付之價款、運費及保險費，不包括為取得該設備所支付之其他費用。
公司自製之設備提供自用，以生產該設備所發生之成本認定之。
五、當年度：指設備交貨之年度。
前項第三款第七目所稱研究機構，包括政府之研究機構、經政府評鑑為醫學中心之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。
資源回收再利用事業申請適用前條第一項第三款第八目及第九目規定專案認定之支出，其於費用發生當年度向中央目的事業主管機關提出申請並經該中央目的事業主管機關會同財政部核准者，自費用發生年度起適用；其逾費用發生年度始提出申請，經核准者，自申請之年度起適用。
資源回收再利用事業購置自行使用於回收再利用之設備，其在同一課稅年度內購置總金額達新臺幣六十萬元以上者，得就購置成本按百分之七，自當年度起五年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。
適用前項之設備，以全新及未申請投資抵減者為限。
資源回收再利用事業投資於第二條所稱之研究支出，在同一課稅年度內，其屬公司組織者，得按百分之三十，其餘事業得按百分之二十，自當年度起五年內抵減各年度應納營利事業所得稅額；支出總金額超過前二年度研究經費平均數者，其屬公司組織者，超過部分得按百分之五十，其餘事業得按百分之三十抵減之。
前條及前項之投資抵減，其每一年度得抵減總額，以不超過該事業當年度應納營利事業所得稅額百分之五十為限。
但最後年度抵減金額不在此限。
第一項所稱前二年度研究經費平均數，指資源回收再利用事業申報抵減年度前連續二課稅年度，經稅捐稽徵機關核定准予適用投資抵減之研究支出金額之平均數；其因公司合併，合併後存續或新設公司於計算合併當年度之前二年度研究經費平均數時，應將消滅公司於合併前連續二課稅年度，經稅捐稽徵機關核定該二年度准予適用投資抵減之研究支出金額併入計算。
資源回收再利用事業適用投資抵減稅額之研究支出，不包括政府補助款在內，並以稅捐稽徵機關核定數為準。
本辦法規定適用投資抵減者，其購置之設備，應依下列期限及程序辦理：一、應於中華民國九十六年一月一日起至九十七年十二月三十一日之期間內訂購，並於訂購日之次日起二年內交貨。
因情形特殊，未能於規定期限內交貨者，得於期限屆滿前，敘明事由，向中央目的事業主管機關申請延長；其延長期間，不得超過二年。
二、應於交貨日之次日起六個月內或本辦法發布施行日起六個月內，向中央目的事業主管機關申請核發證明文件。
申請投資抵減證明時，應註明設備預定安裝完成日期。
三、應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，憑前款證明文件及購置成本之原始憑證影本，送請事業所在地之稅捐稽徵機關核定其可抵減稅額。
前項第一款之訂購日期，依下列規定認定之：一、購置國外產製之設備：以輸入許可證之申請日期為準；免輸入許可證者，以足以認定購置該設備之銀行簽發信用狀、付款交單、承兌交單、結匯單據或其他證明文件之日期為準；如無上述證明文件者，得以該設備裝運日期或進口日期為準。
但經由代理商、經銷商、貿易商或租賃公司購置國外產製之設備者，以買賣契約或融資租賃契約之簽訂日期為準。
二、購置國內產製之設備：以買賣契約或融資租賃契約之簽訂日期為準。
第一項第一款之交貨日期，依下列規定認定之：一、購置國外產製之設備：以運抵我國輸入口岸之日期為準。
但經由代理商、經銷商、貿易商或租賃公司購置國外產製之設備者，以運抵購置者許可證或登記證登載處所之日期為準。
二、購置國內產製之設備：以運抵購置者許可證或登記證登載處所之日期為準。
三、資源回收再利用設備契約附有土木、水電工程者，得以土木、水電工程完成日期為準。
四、購置設備採整廠或整批申請發證者，其交貨日期之認定，如係同一買賣契約或輸入許可證，以最後一批交貨日期為準。
如以多張買賣契約或輸入許可證訂購，且分批交貨，經專案核定係屬整廠或整批設備者，其交貨日期之認定亦同。
前項第四款整廠、整批之認定如下：一、設備及其附屬設備需互相配合方能發揮功能者。
二、同一作業線上有相互關聯足以影響整體作業者。
本辦法所稱購置，包括分期付款及融資租賃。
前項融資租賃，其承租人為二人以上者，以各承租人所取得之使用權或所有權與其所支付之價款比例相等者為限。
資源回收再利用事業依本辦法規定投資於研究之支出，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時依規定格式填報，並依下列規定檢附有關證明文件，送請事業所在地之稅捐稽徵機關核定其數額。
稅捐稽徵機關於核定其抵減稅額時，如對事業申報之支出內容或相關事項有疑義，可洽各中央目的事業主管機關協助認定：一、事業之組織系統圖及研究人員名冊。
二、研究單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之完整進、領料紀錄。
三、當年度購置專供研究用儀器設備之清單。
四、研究單位配置圖及其使用面積占建築物總面積之比率說明書。
五、購置或使用專利權、專用技術、著作權之契約或證明文件及其攤折或支付費用計算表。
六、研究計畫及紀錄或報告。
七、其他有關證明文件。
資源回收再利用事業依本辦法申請適用投資抵減之設備，其安裝地點，以該事業經目的事業主管機關許可或登記之場所為限。
前項設備安裝地點位於實施都市計畫地區者，應符合都市計畫法及都市土地使用分區管制之規定；於非都市計畫地區者，應符合區域計畫法及非都市土地使用管制之規定。
稅捐稽徵機關得於投資抵減證明所載設備預定安裝完成日期後查明或派員實地勘查；其結果與投資抵減證明所載事項不符者，以稅捐稽徵機關認定者為準。
設備安裝地點或日期如有變動，除依相關法規辦理外，該事業應即報請其所在地稅捐稽徵機關備查。
依本辦法申請抵減所得稅之設備於交貨之次日起三年內，或專供研究單位研究用儀器設備於購置之次日起三年內轉借、出租、轉售、失竊、退貨、拍賣、報廢、經他人依法收回、變更原使用目的或有非自行使用者，應向稅捐稽徵機關補繳已抵減之所得稅款，並自各抵減年度之所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納之日止，依臺灣郵政股份有限公司一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。
但報廢係因地震、風災、水災、旱災、蟲災、火災及戰禍等不可抗力之災害所致者，不在此限。
前項因不可抗力災害而報廢之設備或專供研究用儀器設備，應於災害發生後十五日內檢具損失清單及證明文件，報請稅捐稽徵機關派員勘查；其因情形特殊，不能於該期間內辦理者，得於該期間屆滿前申請展延，但展延之期限最長不得超過十五日，並以一次為限。
依本辦法申請抵減所得稅之設備，如有正當理由未能於投資抵減證明書所載預定安裝完成日期前完成安裝者，得於該完成日期截止前，向事業所在地稅捐稽徵機關申請展延，並至遲應於交貨之次日起三年內安裝完成，經稅捐稽徵機關查明或派員勘查屬實者，始得依本辦法適用投資抵減。
前項申請展延，係因地震、風災、水災、旱災、蟲災、火災及戰禍等不可抗力之災害所致者，其展延期限，得不受前項三年期限之限制。
公司依企業併購法規定辦理合併、分割或收購並符合同法第三十七條規定，而將申請抵減所得稅之設備轉移給合併後存續或新設公司、分割後既存或新設公司或收購公司者，該次轉移之設備不受第一項補繳所得稅款及加計利息之限制。
依本辦法申請抵減所得稅之設備及研究支出，其交易行為及購置成本之原始憑證，經稅捐稽徵機關發現有虛報不實情事者，依稅捐稽徵法、所得稅法及所得基本稅額條例有關逃漏稅處罰之規定辦理。
資源回收再利用事業為公司組織者，其關於投資於資源回收再利用設備及用於資源回收再利用用途之研究支出經適用本辦法規定之投資抵減者，不得重複適用促進產業升級條例第六條及第七條規定之投資抵減。