本辦法依去氧核醣核酸採樣條例（以下簡稱本條例）第十二條第五項規定訂定之。
去氧核醣核酸（以下簡稱DNA）樣本之鑑定應以刑事鑑識科學領域認可、用於身分鑑定或親緣鑑定之DNA分析方法為之。
DNA資料庫所建立之紀錄為下列DNA之非密碼區：一、染色體之DNA短片段相連重複序列（Shorttandemrepeat，簡稱STR）及性染色體之DNA特異片段。
二、粒線體DNA序列。
內政部警政署刑事警察局（以下簡稱刑事局）DNA實驗室應符合國際認可之實驗室認證規範。
辦理DNA鑑定之警察機關實驗室，應符合內政部警政署所定刑事DNA實驗室作業規範。
司法警察機關依本條例採樣之DNA樣本經刑事局鑑定比對後，所涉案件尚未移送者，該DNA樣本得暫存於刑事局，俟所涉案件確定移送與否，再行儲存或銷毀。
刑事局應指派專責人員管理DNA樣本，維護DNA樣本安全。
專責人員負有保密之義務，除依第四條或第七條規定辦理銷毀外，非依本條例或其他法律規定，不得交付他人。
刑事局應將DNA樣本儲存於安全之管制場所，並使用適當之方法或設施，以利儲存及管理。
刑事局應建立前項DNA樣本之儲存、調取與歸還及該管制場所出入紀錄，並限定僅專責人員得出入該場所，其他人員因業務上正當理由有出入該場所之必要者，亦須有專責人員陪同。
前項之紀錄，應定期查核。
DNA樣本之銷毀，依下列規定辦理：一、符合本條例第十二條第一項規定，被採樣人採樣後超過十年者，得辦理銷毀。
二、被採樣人符合本條例第十二條第二項前段規定者，定期審核確認後，應辦理銷毀。
三、被採樣人依本條例第十二條第二項後段規定申請刪除者，經審核確認後，應即辦理銷毀。
四、符合少年事件處理法第八十三條之一第二項規定，經少年法院通知後，應即辦理銷毀。
五、被採樣人所涉案件非以本條例第五條所列之罪辦理移送者，應辦理銷毀。
辦理前項銷毀前，被採樣人涉及其他符合本條例應強制採樣案件者，得不予銷毀。
DNA樣本之銷毀應每年定期辦理。
銷毀作業應會同監督單位進行，並作成銷毀紀錄，該紀錄至少保存五年。
依據本條例第十一條第一項規定建立之DNA資料庫，區分為尚未判決確定之犯罪嫌疑人或被告資料（以下簡稱嫌疑人資料）與有罪判決確定之犯罪人資料。
刑事局對於嫌疑人資料應依第十三條規定定期查核，經有罪判決確定者，應將其資料移至犯罪人資料。
刑事局應確保DNA資料庫資訊安全，定期進行維護及更新。
刑事局DNA資料庫之建立者及使用者對資料負有保密之義務，經授權後方可登錄使用，非依本條例或其他法律規定，不得洩漏或交付他人。
前項建立者及使用者應定期接受教育訓練；未接受教育訓練者，不得授權登錄。
DNA資料庫之資料內容包含採樣單位（或移送單位）、採樣案由、被採樣人基本資料（姓名、性別、出生年月日及國民身分證統一編號、護照或旅行證件號碼）、實驗室案件編號、DNA樣本編號及紀錄。
有下列情形之一者，得使用DNA資料庫：一、與刑案現場證物DNA紀錄進行查詢、比對。
二、與未破案之證物DNA紀錄進行查詢、比對。
三、有事實足認原採DNA樣本可能非被採樣人所有，須釐清身分時。
四、依本條例第四條第二款所為之情形。
有下列情形之一者，得提供DNA資料：一、前項各款之情形，提供予原送檢單位。
二、應法院、軍事法院、檢察官、軍事檢察官或司法警察機關之請求而提供。
前項資料之提供應以書面為之。
DNA資料庫之資料，除依第一項、第二項規定辦理外，非依本條例或其他法律規定，不得使用或提供。
DNA資料庫資料之刪除，依下列規定辦理：一、符合本條例第十二條第一項規定，被採樣人死亡後已超過十年者，得辦理刪除。
二、被採樣人符合本條例第十二條第二項前段規定者，定期審核確認後，應辦理刪除。
三、被採樣人依本條例第十二條第二項後段規定申請刪除者，經審核確認後，應即辦理刪除。
四、符合少年事件處理法第八十三條之一第二項規定，經少年法院通知後，應即辦理刪除。
辦理前項資料刪除前，被採樣人涉及其他符合本條例應強制採樣案件者，得不予刪除。
辦理第一項刪除應作成紀錄，該紀錄至少保存五年。
刑事局應定期查核DNA資料庫中嫌疑人資料，其建置逾二年且判決確定與否不明者，應請法院或檢察官協助查明，並依下列規定辦理：一、被採樣人受不起訴處分或經法院、軍事法院無罪判決確定者，應予刪除。
二、被採樣人受起訴處分而案件繫屬法院，或被採樣人涉及其他符合本條例應強制採樣案件者，得不予刪除。
刑事局應於每年六月前將本條例執行情形公告之。
前項公告內容須包括下列事項：一、新增及刪除建檔數。
二、建檔總數。
三、比中案件數。
四、型別出現頻率之引用依據。