事業應於碳費徵收費率公告生效次年起，每年五月底前，依其前一年度一月一日至十二月三十一日之溫室氣體排放量，按公告之費率自行計算應繳納之費額，並依中央主管機關規定之格式，填具碳費申報書及繳款單，將前一年度之碳費，自行繳納至中央主管機關指定金融機構代收專戶後，以網路傳輸方式，向中央主管機關申報。
但報經中央主管機關同意者，得以書面方式申報。
前項碳費，於第一年未滿一年者，以碳費徵收費率公告生效日期當月起算，依月份比例計算應繳納之費額。