事業依第四條規定繳納碳費，經中央主管機關結算有溢繳且溢繳金額未達新臺幣二千元者，應充作其後應繳納費額之一部分，不予退還。
溢繳金額達新臺幣二千元以上者，得向中央主管機關申請無息退還溢繳之費用。