特種考試司設四科，各科之職掌如下：一、第一科：關於公務人員外交、國際經濟商務、民航、調查、國家安全情報、稅務、關務等人員特種考試及國軍上校以上軍官轉任公務人員考試典試委員會組織、典試之擬議暨試務及法令之擬議、解釋事項。
二、第二科：關於公務人員司法、司法官、身心障礙、社會福利工作等人員特種考試及軍法官考試典試委員會組織、典試之擬議暨試務及法令之擬議、解釋事項。
三、第三科：關於公務人員警察、一般警察、交通事業、原住民族、移民行政等人員特種考試及退除役軍人轉任公務人員特種考試典試委員會組織、典試之擬議暨試務及法令之擬議、解釋事項。
四、第四科（一）關於公務人員海巡、專利商標審查、國防部文職、水利及水土保持、高科技或稀少性技術等人員特種考試及地方政府公務人員特種考試典試委員會組織、典試之擬議暨試務及法令之擬議、解釋事項。
（二）關於本司不屬其他各科之綜合性業務事項。
前項各科職掌，必要時得由長官視情況臨時調整；未列舉事項得由長官依職權交辦。
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