受補助單位經費收支應設立補助款專戶儲存並單獨設帳管理，同時依契約書約定分期編製經費支用報表送本會審核；補助款專戶所生孳息及計畫執行結束後之結餘款，應全數繳回本會。
經費核銷作業應依政府支出憑證處理要點、中央政府各機關對民間團體及個人補（捐）助預算執行應注意事項、本會相關規定及契約辦理。