本條例之主管機關：在中央為行政院；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。
為審議、監督、協調及指導離島建設，中央主管機關得設置離島建設指導委員會，由行政院院長召集之。
前項指導委員會之主要職掌為審議離島綜合建設實施方案及協調有關離島重大建設計畫推動等事項；其設置要點，由行政院定之。