土地租金之計算方式如下：一、管理局應就新設園區，根據其經營需求與招商狀況，訂定其年租金率，以便計算土地租金。
本辦法所稱年租金率，係指年度租金占園區土地平均公告地價之比率。
年租金率最高不得逾百分之十。
二、新設園區之每月土地租金計算方式為，以該園區土地平均公告地價乘以年租金率，除以十二個月，乘以租用土地面積計算之。
三、於既有園區毗鄰區域擴增之園區範圍，其土地租金應按該既有園區之土地租金數額計收。
四、公告地價如遇直轄市、縣市政府重新規定地價，每月土地租金應配合調整，其調整方式如下：（一）平均公告地價調漲者，以原每月土地租金扣除原地價稅額十二分之一後之餘額，加計平均公告地價調高比例，再加上調整後地價稅額十二分之一計算。
但其餘額調高比例以百分之十為上限。
（二）平均公告地價調降者，於調降後之平均公告地價低於中華民國一百零四年度平均公告地價時，以原每月土地租金扣除原地價稅額十二分之一後之餘額，依當年度公告地價之調降比例調降，再加上調整後地價稅額十二分之一計算。
如調降後之平均公告地價未低於中華民國一百零四年度平均公告地價，則每月土地租金不配合調降。
五、既有園區調整土地租金時，於既有園區毗鄰區域擴增園區範圍之土地租金，應一併調整。
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