本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算，以行政院環境保護署（以下簡稱本署）為管理機關；其下設置空氣污染防制基金、資源回收管理基金非營業基金部分、土壤及地下水污染整治基金、水污染防治基金、環境教育基金及溫室氣體管理基金六個基金，編製附屬單位預算之分預算。