為防制空氣污染、推動垃圾減量、資源回收、預防、整治土壤與地下水污染、防治水污染、推動環境教育工作、降低及管理溫室氣體排放，建立污染者付費制度，以改善生活環境，促進資源永續發展，特設置環境保護基金（以下簡稱本基金），並依預算法第二十一條規定，訂定本辦法。
本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算，以行政院環境保護署（以下簡稱本署）為管理機關；其下設置空氣污染防制基金、資源回收管理基金非營業基金部分、土壤及地下水污染整治基金、水污染防治基金、環境教育基金及溫室氣體管理基金六個基金，編製附屬單位預算之分預算。
本基金之來源如下：一、空氣污染防制基金收入。
二、資源回收管理基金非營業基金部分收入。
三、土壤及地下水污染整治基金收入。
四、水污染防治基金收入。
五、環境教育基金收入。
六、溫室氣體管理基金收入。
七、其他有關收入。
本基金之用途如下：一、空氣污染防制基金支出。
二、資源回收管理基金非營業基金部分支出。
三、土壤及地下水污染整治基金支出。
四、水污染防治基金支出。
五、環境教育基金支出。
六、溫室氣體管理基金支出。
七、其他有關支出。
本署之任務如下：一、本基金收支、保管及運用之審議。
二、本基金年度預算及決算之審議。
三、本基金下設各基金會計報告之彙辦。
四、本基金下設各基金重大業務案件之核定。
五、本基金下設各基金財務調度之核定。
六、本基金下設各基金之監督及考核。
七、其他有關事項。
本基金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依公庫法及其相關法令規定辦理。
本基金為應業務需要，得購買政府公債、國庫券及其他短期票券。
本基金下設各基金之資金，得於各基金間以計息方式互相融通。
本基金有關預算編製與執行及決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令規定辦理。