環境衛生及毒物管理處分設四科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）關於環境用藥政策、方案與措施之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於環境用藥管理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於環境用藥評估技術之研究發展與調查資料之蒐集、研析及報告事項。
（四）關於環境用藥管理證照制度之規劃、審核、督導及執行事項。
（五）不屬於本處其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於毒性化學物質管理政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於毒性化學物質管理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於毒性化學物質管理技術之研究發展與調查資料之蒐集、管理、研析及報告事項。
（四）關於毒性化學物質管理措施之規劃、研訂、指導、監督及執行事項。
（五）關於毒性化學物質管理證照制度之規劃、審核、督導及執行事項。
（六）關於毒性化學物質災害防救政策、方案與計畫之研訂、推動、督導及執行事項。
三、第三科：
（一）關於飲用水管理政策、方案與計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於飲用水管理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於飲用水管理技術之研究發展與調查資料之蒐集、管理、研析及報告事項。
（四）關於飲用水管理措施之研訂、指導、監督及執行事項。
四、第四科：
（一）關於環境衛生與居家環境蟲鼠管理政策、方案、計畫之研訂、推動、督導、執行及評估事項。
（二）關於環境衛生與居家環境蟲鼠管理法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（三）關於環境衛生改善與居家環境蟲鼠管理技術之研究發展、調查資料之蒐集、管理、研析及報告事項。
（四）關於環境衛生與居家環境蟲鼠管理措施之規劃、研訂、指導、監督及執行事項。
（五）關於天然災害環境污染防治措施之研訂、指導、監督及執行事項。
（六）關於環境衛生與環境蟲鼠管理之規劃及協調事項。