水質保護處分設六科，各科掌理事項如下：一、第一科：(一)關於河川、湖庫水質保護政策、方案之擬訂及推動事項。
(二)關於水質保護法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
(三)關於河川、湖庫水質影響調查、監測及水質標準之擬訂事項。
(四)關於水區及水污染管制區之劃定及總量管制方式之審核事項。
(五)關於非點源污染防治之規劃及督導事項。
(六)關於水污染管制區污染行為之管制督導事項。
(七)關於水體水質保護科技發展及水質模式之研發應用事項。
(八)不屬於本處其他各科之事項。
二、第二科：(一)關於廢水污染源管制政策、計畫之擬訂、推動及督導事項。
(二)關於廢水排放各項許可、專責人員、申報制度之規劃、推動及督導事項。
(三)關於廢水污染源之調查與資料之研析及運用事項。
(四)關於工廠、礦場事業廢水排放管制法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
(五)關於水污染防治費徵收、運用之規劃及督導事項。
三、第三科：(一)關於污水污染源管制政策及計畫之擬訂、推動及督導事項。
(二)關於建築物污水處理設施之管理事項。
(三)關於污水排放各項許可、專責人員、申報制度之規劃、推動及督導事項。
(四)關於污水排放管制法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
(五)關於污水污染源之調查與資料之研析及運用事項。
四、第四科：(一)關於海洋保護政策、方案之擬訂及推動事項。
(二)關於海洋污染之調查、監測與資料之研析及運用事項。
(三)關於海洋污染防治計畫之規劃、審核、推動、協調及督導事項。
(四)關於海洋污染防治法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
(五)關於廢(污)水海洋放流之審核及督導事項。
(六)關於廢棄物投棄海洋之審核及督導事項。
五、第五科：(一)關於河川流域污染整治專案計畫之擬訂、規劃、審核、宣導、推動、協調及督導事項。
(二)關於河川污染整治專案計畫之調查及資料之研析運用事項。
(三)關於整治專案計畫之廢(污)水河川放流之許可、申報及管制督導事項。
六、第六科：(一)關於地下水質保護政策、方案之擬訂及推動事項。
(二)關於地下水污染整治法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
(三)關於地下水污染之調查評估、管制、整治復育與財務等措施之規劃、推動、督導、審核及執行事項。
(四)關於地盤下陷所致污染防治之策劃、指導及監督事項。
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