申請人未依前條規定辦理核銷者，依下列規定核處：
一、第五條第一項第一款申請人：依本條例第四十一條第一項第一款規定處新臺幣五十萬元以上二百五十萬元以下罰鍰，並得收回漁業證照二年以下，或廢止之。
二、第五條第一項第二款申請人：因違反遠洋漁業漁獲物或漁產品出口業者核准及管理辦法第八條第二項規定，依本條例第三十八條第二項及第三項規定，處新臺幣二百萬元以上一千萬元以下罰鍰，並應暫停其從事遠洋漁業漁獲物或漁產品出口資格二年以下，或廢止之。