第13條船舶運送業未依第五條、第八條第一項、第十條第一項或第十二條規定辦理者，交通部得令其改正或停止其營業之一部，情節重大者，得廢止其直航許可。船舶運送業經營之運送客貨船舶，航經第十條第二項公告之航路或航道入出大陸地區直航港口，未依第八條第二項辦理、第十條第二項公告之航路或航道航行者，交通部應立即令其改正，情節重大者，應立即廢止其許可，並得自廢止之日起三年內不受理其申請許可。大陸船舶未經許可進入臺灣地區限制或禁止水域，並依據臺灣地區與大陸地區人民關係條例第三十二條及第八十條之一規定處置。