本辦法依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第二十八條、第二十九條第三項及第三十條第三項規定訂定之。
臺灣地區與大陸地區直航港口包含下列港口：一、國際商港。
二、國內商港。
三、工業港。
前項港口由交通部報行政院指定後公告，並刊登政府公報。
船舶運送業申請經營臺灣地區與大陸地區海運客貨直航業務，應檢附海運直航申請書、營業計畫書及相關文書，向航港局申請，經該局考量運量供需及運能平衡，核轉交通部許可後，始得營運。
第一項許可期間，以二年為限，並得於期限屆滿三十日前重新申請許可。
船舶運送業應於取得許可後四個月內營運；屆期未開始營運者，由航港局報交通部廢止其營運許可。
臺灣地區船舶運送業經營第三地與大陸地區航運業務者，準用本辦法規定。
大陸地區船舶運送業經營第三地與臺灣地區航運業務者，亦同。
從事臺灣地區與大陸地區海上客貨直接運輸之船舶，以符合下列各款情形之一者為限：一、臺灣地區或大陸地區資本，並在兩岸登記者。
二、臺灣地區或大陸地區資本，並在香港登記者。
三、本辦法施行前，已從事境外航運中心運輸、兩岸三地貨櫃運輸或砂石運輸業務之臺灣地區或大陸地區資本之外國籍船舶。
前項第三款以外之外國籍船舶經航港局核轉交通部許可者，得航行於臺灣地區與大陸地區港口。
大陸地區船舶運送業經營臺灣地區與大陸地區海運客貨直航業務，其在臺灣地區攬載客貨、代理登記、設立分公司、申報運價表、申報加入為國際聯營組織會員、合作營運、提供查核文件等管理事項，準用航業法第十七條、第二十三條至第二十九條、第三十四條、第三十五條、第三十七條至第四十條、第五十七條至第六十條、第六十二條、船舶運送業及船舶出租業管理規則第二十五條、第三十條至第三十六條、船務代理業管理規則第十六條規定。
船舶運送業經營臺灣地區與大陸地區固定航線業務者，應檢附海運直航固定航線申請書、營業計畫書、船舶一覽表、運價表、船期表、船舶適航證明文件及其他相關文書，申請航港局核轉交通部許可；許可內容變更時，亦同。
船舶運送業申請經營非固定航線業務者，應檢附海運直航非固定航線申請書、營業計畫書及相關文書，逐船逐航次向航港局申請許可；許可內容變更時，亦同。
船舶運送業申請經營之運送客貨大陸船舶航經第十條第二項公告之航路或航道入出大陸地區直航港口者，應檢附申請書及相關文書，向航港局申請許可；許可內容變更時，亦同。
前項許可期間，以六個月為限，並得於期限屆滿十五日前重新申請許可。
非運送客貨之各類船舶申請航行臺灣地區與大陸地區港口者，應檢附航行目的、計畫及相關文件，申請航港局核轉交通部專案許可。
前項申請案件，交通部應會商有關機關進行審查。
船舶運送業經營臺灣地區與大陸地區航線之船舶，入出臺灣地區直航港口時，應全程開啟海事通信頻道，並裝設船舶自動識別系統。
船舶運送業經營之運送客貨船舶，航經第十條第二項公告之航路或航道入出大陸地區直航港口者，於入出航道時，其通信導航識別依前項規定辦理，並應接受調度及依交通部相關管理規定辦理。
大陸地區船舶入出臺灣地區直航港口期間，船舶懸掛公司旗，船艉及主桅不掛旗。
經營臺灣地區與大陸地區航線船舶入出臺灣地區直航港口，所經航路或航道，交通部得依實際需求，會同有關機關劃設公告，並刊登政府公報，船舶應依公告之航路或航道航行。
運送客貨之船舶航經臺灣地區之金門、馬祖限制或禁止水域入出大陸地區直航港口，所經航路或航道，交通部得依實際需求，會同有關機關劃設公告，並刊登政府公報，船舶應依公告之航路或航道航行。
經營臺灣地區與大陸地區航線船舶、旅客及貨物入出臺灣地區直航港口，依港口一般作業規定繳交費用。
船舶運送業或其代理人應於每月十日前，依交通部所定格式，向航港局申報前一月所經營或代理之直航船舶及運送統計資料。
船舶運送業未依第五條、第八條第一項、第十條第一項或第十二條規定辦理者，交通部得令其改正或停止其營業之一部，情節重大者，得廢止其直航許可。
船舶運送業經營之運送客貨船舶，航經第十條第二項公告之航路或航道入出大陸地區直航港口，未依第八條第二項辦理、第十條第二項公告之航路或航道航行者，交通部應立即令其改正，情節重大者，應立即廢止其許可，並得自廢止之日起三年內不受理其申請許可。
大陸船舶未經許可進入臺灣地區限制或禁止水域，並依據臺灣地區與大陸地區人民關係條例第三十二條及第八十條之一規定處置。