第3條船舶運送業申請經營臺灣地區與大陸地區海運客貨直航業務，應檢附海運直航申請書、營業計畫書及相關文書，向航港局申請，經該局考量運量供需及運能平衡，核轉交通部許可後，始得營運。第一項許可期間，以二年為限，並得於期限屆滿三十日前重新申請許可。船舶運送業應於取得許可後四個月內營運；屆期未開始營運者，由航港局報交通部廢止其營運許可。臺灣地區船舶運送業經營第三地與大陸地區航運業務者，準用本辦法規定。大陸地區船舶運送業經營第三地與臺灣地區航運業務者，亦同。